historien om administrationen av Karachi börjar 1846, då en koleraepidemi hotade de 9000 medborgarna i staden. Insatserna för att bekämpa denna infektionssjukdom samordnades av en Konservansstyrelse. År 1852 blev Conservancy Board en kommunal kommission och 1853 uppgraderades den till Kommunutskottet. År 1878 fick staden befogenhet att samla skatter på lokal nivå.staden Karachi Kommunal lag utfärdades 1933 och Kommunutskottet blev ett multietniskt kommunalt företag med 57 medlemmar med en President och en Vice President i stället för den tidigare borgmästaren och vice borgmästaren. Den första presidenten var Jamshed Naserwanji, som tidigare varit borgmästare i tjugo år.

Efter självständigheten 1947 blev Karachi huvudstad i den nyligen oberoende staten Pakistan och borgmästare Hakim Ehsan fick generalguvernören Muhammad Ali Jinnah på Karachis internationella flygplats. 1948 fastställdes stadsgränserna inom det nya federala huvudstadsområdet, som täckte 2103 km2 men också inkluderade flera små städer och byar separata från Karachi.

under perioden 1961-1970 slogs det tidigare federala huvudstadsområdet samman med den angränsande furstliga staten Las Bela för att bilda Karachi-Bela-divisionen i västra Pakistan. Under 1970-talet vändes denna sammanslagning och Karachi blev en egen division och täckte 3 528 km2.

Karachi Municipal Corporation uppgraderades till ett Storstadsföretag 1976, följt av Zonala kommunala utskott som verkade från 1987-1994. Regeringssystemet förändrades igen 1996, då uppdelningen av Karachi delades in i fem distrikt, var och en med sitt eget kommunala företag.

1999 åtog sig President Pervez Musharraf en översyn av hela landets administrativa struktur. År 2000 avskaffades hela den tredje regeringsnivån (administrativa avdelningar) till förmån för den fjärde nivån (distrikt). I Karachi slogs uppdelningen av Karachi och de fem distrikten samman för att bilda ett nytt stadsdistrikt som delades upp i augusti 2001 i arton autonoma städer bestående av 178 lokala fackliga råd.

stadssystemet avskaffades 2011, och Karachi Development Authority drivs på provinsiell, snarare än lokal nivå.