homologi ligger till grund för jämförande studier inom biologi på alla nivåer från gener till fenotyper. Homologi är likhet på grund av gemensam härkomst och anor, homoplasi är likhet som uppnåtts via oberoende utveckling. Men med tanke på att det bara finns ett träd av livet, delar alla organismer, och därmed alla egenskaper hos organismer, en viss grad av relation och likhet med varandra. Den delningen kan vara likhet eller till och med strukturens identitet och delning av en senaste gemensam förfader-som i homologin för armar av människor och apor-eller det kan återspegla en viss (ofta liten) grad av likhet, såsom den mellan insekternas vingar och fåglarnas vingar, grupper vars gemensamma förfader ligger djupt inom Metazoas evolutionära historia. Det kan återspegla delning av hela utvecklingsvägar, partiell delning eller divergerande vägar. Denna översyn jämför funktioner som klassificeras som homologa med klasserna av funktioner som normalt grupperas som homoplastiska, den senare är konvergens, parallellism, reverseringar, rudiment, rester och atavismer. Å ena sidan kan utvecklingsmekanismer bevaras, även när en fullständig struktur inte bildas (rudiment, rester) eller när en struktur endast förekommer hos vissa individer (atavismer). Å andra sidan kan olika utvecklingsmekanismer producera liknande (homologa) funktioner. Gemensam undersökning av närhet av förhållande och grad av delad utveckling avslöjar ett kontinuum inom en utökad kategori av homologi, som sträcker sig från homologi –> reversals –> rudiment –> vestiges –> atavisms –> parallellism, med konvergens som den enda klassen av homoplasma, en ide som visar sig vara överraskande gammal. Denna justering ger en glimt av ett sätt att överbrygga fylogenetiska och utvecklingsmetoder för homologi och homoplasi, en bro som borde ge en nyckelpelare för evolutionär utvecklingsbiologi (evo-devo). Det kommer inte, och i praktisk mening kan inte, ändra hur homoplastiska egenskaper identifieras i fylogenetiska analyser. Men att se rudiment, reverseringar, rester, atavismer och parallellism som närmare homologi än homoplasi bör vägleda oss mot att söka efter de gemensamma elementen som ligger till grund för bildandet av fenotypen (vad vissa har kallat den djupa homologin hos genetiska och/eller cellulära mekanismer), snarare än att diskutera funktioner i termer av delad eller oberoende utveckling.