som vid alla operationer under anestesi finns det risker förknippade med generell anestesi i sig. En ytterligare möjlig komplikation av coccygektomi är infektion på kirurgisk plats på grund av platsens närhet till anus, vilket leder till förorening av bakterier från patientens avföring. En analys av 24 studier av coccygektomi (täcker 702 patienter) rapporterade att 19 studier (täcker 493 patienter) rapporterade infektionshastigheten efter operationen, medan de andra fem studierna gav ofullständig information. Bland patienterna i de 19 studierna med fullständig information var infektionshastigheten 12%. I de flesta fall var infektionen ytlig, men 4% av operationerna orsakade en infektion som krävde upprepad operation för att behandla infektionen. Användningen av profylaktiska antibiotika, preoperativ rektal lavemang, stängning av såret i två lager och användning av ett lokalt hudlim har visat sig minska infektionshastigheten till 0%.

hos vuxna som genomgår coccygektomi är en sällsynt komplikation en efterföljande perineal bråck eller coccygeal bråck. I dessa bråck buktar tarm eller annat bäckeninnehåll nedåt och ut ur bäckenet genom ett försvagat bäckenbotten. Denna komplikation har inte rapporterats hos personer som genomgick coccygektomi medan de var barn eller barn. En mildare version av bråck är när någon bara har prolaps (sagging) i bäckenbotten. För att reparera dessa bråck har en mängd olika kirurgiska tekniker beskrivits.