Les Moody Blues se sont produits en direct lors du concert caritatif de Birmingham Heart Beat en 1986, qui a permis de collecter des fonds pour l’Hôpital pour enfants de Birmingham. Le groupe a joué quatre chansons, et plus tard a fourni des renforts avec l’Electric Light Orchestra pour George Harrison.
Les Moodies ont poursuivi leur succès de génération vidéo avec Sur La Mer (1988) et sa vidéo et son single, « I Know You’re Out There Somewhere » (No.30 US, No.52 UK, No.2 US Mainstream Rock), une suite de « Your Wildest Dreams ». Leur son a pris une qualité de plus en plus synthétique et technique lorsque Moraz et Visconti ont commencé à utiliser des séquenceurs, des échantillonneurs et des boîtes à rythmes modernes. Pendant ce temps, Justin Hayward et John Lodge ont écrit et chanté sur la plupart des chansons alors que le groupe subissait la pression de leur nouvelle maison de disques, PolyGram Records, pour promouvoir ceux qu’il considérait comme les deux membres les plus commerciaux. Ray Thomas jouait un rôle diminué dans le studio. Le groupe évolue vers un acte de synthpop, avec une musique pas du tout adaptée à une flûte (bien que Ray Thomas ait en fait fourni des percussions supplémentaires, notamment un tambourin vif, sur de nombreuses autres chansons de Moodies qui ont continué à être présentées, plus de l’harmonica occasionnel), et à ce stade, il a été largement relégué au statut de chanteur de sauvegarde. Ray Thomas était également malade pendant cette période, limitant davantage son implication avec le groupe dans le studio d’enregistrement. Il a assuré les chœurs de The Other Side of Life et de Sur La Mer; cependant, de multiples considérations de production ont conduit Visconti à laisser la voix de Ray Thomas hors de ce dernier de ces deux albums, réduisant ainsi davantage la texture de leur son vocal global, qui était riche en harmonies à quatre parties, puis est descendu à trois, maintenant réduit encore plus aux voix plus similaires de Justin Hayward et John Lodge (John Lodge fournissant également des voix de fausset et des harmonies aiguës), Mike Pinder et Ray Thomas ayant chacun fourni des harmonies vocales graves et aiguës dans le son vocal précédent du groupe. Le « son » vocal du groupe était devenu le mélange de Justin Hayward-John Lodge, qui était toujours reconnaissable, bien que moins texturé que le son « choral » original en quatre parties, plus complexe.

Années 1990 à aujourd’hui
Départ de Patrick Moraz
La grande valeur de Ray Thomas est restée sur scène principalement de sa capacité continue à chanter ses classiques des Moodies des années 1960 et 1970, ainsi que dans des duos pour flûte et clavier qu’il a composés avec Moraz qui n’ont été interprétés que par les deux lors des concerts de Moodies. Le groupe avait commencé à renforcer son son de concert en 1986 avec l’ajout d’un deuxième claviériste (Bias Boshell était le premier, remplacé en 1987 par Guy Allison avant le retour de Boshell en 1990), ainsi que des choristes féminines.
En 1991, à mi-chemin de la production de leur nouvel album studio, Patrick Moraz fait quelques commentaires dans un article du magazine Keyboard qui suggère son insatisfaction par rapport à son rôle dans les Moodies. Ses plaintes vont de la musique des Moodies devenant trop simple dans sa structure, à la réticence des autres membres à lui permettre de contribuer de manière significative à l’écriture de leurs albums. Il passait également beaucoup de temps à planifier un concert de musique pour célébrer le 700e anniversaire de sa Suisse natale, au lieu de répéter avec les Moodies. Il a été renvoyé de toute participation ultérieure au groupe avant la fin du projet. Boshell et le nouveau claviériste Paul Bliss ont été amenés à terminer les pistes de clavier du nouvel album. Bien que les crédits en tant que « membre officiel du groupe » soient inclus dans toutes les photos de groupe sur les quatre albums studio des années 80, de « Long Distance Voyager » à « Sur La Mer » ces dernières années, les compilations de Moodies désignent maintenant Moraz comme étant simplement un « claviériste supplémentaire », Moraz a ensuite intenté une action en justice contre le groupe aux États-Unis, qu’il a gagnée, mais n’a ensuite reçu que 90 000 back en arriéré en raison de lenteurs comptables au lieu des 4 000 000 he qu’il demandait.

Keys of the Kingdom
Keys of the Kingdom (1991) a connu un succès commercial modeste. Une fois de plus, les chansons de Justin Hayward ont mené l’album, avec les nouveaux singles « Say it With Love » et « Bless the Wings (That Bring You Back) ». Une nouvelle pièce de flûte ambiante de Ray Thomas intitulée « Celtic Sonant. Justin Hayward et Ray Thomas ont également coécrit « Never Blame the Rainbows for the Rain » pour clore l’album. John Lodge fera un changement déterminant dans son écriture de chansons sur cet album, laissant sa musique rock à haute énergie, et gravitant plutôt vers des ballades amoureuses lentes telles que « Lean on Me (Tonight) » (bien qu’il ait déjà contribué quelques chansons dans cette veine plus douce comme « Emily’s Song » pour sa fille en 1971 et « Survival » en 1978, plus « Talking out of Turn » en 1981), tandis que les chansons plus puissantes de John Lodge se poursuivent avec « Magic » et le Lennonesque « Shadows on the Wall ». Cette tendance plus douce se poursuivra sur les deux albums successifs de Moodies. Justin Hayward a écrit la pièce en deux parties « Say What You Mean ». Tony Visconti a produit certaines des pistes de « Keys », tout comme Christopher Neil et Alan Tarney. La tournée qui s’ensuit les voit invités à jouer au Montreux Jazz Festival. Une chanson non-album de Justin Hayward-John Lodge coupée lors de ces sessions, « Highway », a été incluse sur le single de douze pouces « Say it With Love » et sur un coffret ultérieur, tandis que l’album vinyle n’incluait pas leur chanson « Once is Enough » comme sur la version disque compact.
Le groupe est resté un tirage régulier de concerts, et une série de versions vidéo et audio de leur concert Night at Red Rocks de 1992 a connu un grand succès, en particulier en tant que collecte de fonds pour la télévision publique américaine où il avait été diffusé pour la première fois. Le concert a été dirigé et arrangé par Larry Baird, qui a participé à de nombreux concerts orchestraux d’autres groupes, tels que Kansas, Michael Bolton, Three Dog Night, Al Jarreau et Alan Parsons. Le groupe a également continué à utiliser des musiciens supplémentaires sur scène et en studio. Après les deux procès intentés par Mike Pinder en 1981 et Patrick Moraz en 1992, le groupe prend soin de ne pas reconnaître les futurs claviéristes comme membres officiels. Suite à ses contributions en tant que claviériste sur l’album « Keys of the Kingdom », Paul Bliss joue des claviers pour le groupe live depuis 1991, étant promu premier claviériste en 2001 (mais a depuis été remplacé en mars 2010 après 19 ans de service continu avec le groupe). Ray Thomas et Bliss ont poursuivi la tradition d’un duo flûte / clavier pour de nombreuses tournées. Après que Graeme Edge se soit blessé en 1991, le deuxième batteur Gordon Marshall a été amené pour le soutenir; il est resté avec le groupe après la récupération de Graeme Edge et est resté en poste depuis.

Strange Times, tournées des années 1990
De 1991 à 1998, le groupe prend une pause de l’enregistrement et passe du temps à essayer de perfectionner l’art de jouer en direct avec un orchestre. La pause d’enregistrement s’est terminée en 1999, avec l’album Strange Times, qui s’est avéré être le premier album du groupe en près de deux décennies à être plus que moyennement accueilli par la critique britannique, bien que Justin Hayward ait été cité comme étant déçu de la performance de l’album – probablement pas aidé par la longue pause d’enregistrement – qui était notamment inférieure à « Keys of the Kingdom » en 1991. Il a été enregistré à Recco, en Italie, à la suggestion de Justin Hayward, et a été le premier effort auto-produit du groupe. L’album comprend également des claviers et des arrangements du musicien italien Danilo Madonia, qui travaille en studio avec le groupe depuis. L’album s’ouvre sur English Sunset, une chanson pop avec un arrangement moderne, presque techno. La chanson This is the Moment (qui n’est pas sur Strange Times), qui a été présentée à l’origine dans la production de Jekyll et Hyde à Broadway, a été un succès mineur aux États-Unis. Strange Times est également le premier album depuis 1970 à inclure un nouveau poème de Graeme Edge, Nothing Changes, raconté par Graeme Edge lui-même, avec Justin Hayward chantant ensuite la partie finale du morceau, et conclu notamment en citant le titre de la chanson de Mike Pinder en 1968, A Simple Game. Toujours en 1999, les Moody Blues sont apparus dans un épisode des Simpson appelé Viva Ned Flanders. Sur Strange Times, Ray Thomas est apparu vocalement avec Justin Hayward et John Lodge sur Sooner or Later (Walkin ‘ on Air) et sa propre brève chanson My Little Lovely, ainsi qu’un extrait vocal et des chœurs sur le Sunset anglais de Justin Hayward; ceux-ci se révéleraient être son chant du cygne enregistré avec le groupe.
En 2000, le groupe sort Hall of Fame, un nouveau concert live au Royal Albert Hall, avec une sortie simultanée en DVD. Cela a été tiré de la dernière tournée sur laquelle Boshell a joué. Il a quitté la formation live en 2001; Bliss a repris les premières fonctions de clavier, son ancien rôle de deuxième clavier étant occupé par Bernie Barlow et Julie Ragins lorsque Barlow a pris un congé de maternité de 2006 à 2009.
En 2001, un film IMAX est sorti, intitulé Journey into Amazing Caves, qui présente deux nouvelles chansons écrites et interprétées par les Moody Blues. La bande originale présente également Justin Hayward au chant et à la guitare. L’une de ces chansons, intitulée Water, est le premier enregistrement instrumental en studio des Moody Blues depuis leur pièce Hole in the World de 1983 tirée du présent LP.

Ray Thomas prend sa retraite, décembre 2002
Le nouveau millénaire voit les Moody Blues réduire leur horaire de tournée. À la fin de 2002, le membre fondateur Ray Thomas se retire du groupe, réduisant les Moody Blues au trio de Justin Hayward, John Lodge et Graeme Edge, le dernier étant le seul membre original restant. La flûtiste et guitariste rythmique Norda Mullen a été recrutée au début de l’année suivante pour leur tournée nord-américaine, et a travaillé avec le groupe en live et en studio depuis. Vers la fin de 2003, ils sortent un album intitulé December. Les chansons comprenaient des originaux et quatre reprises: « Happy Xmas (War Is Over) » de John Lennon, « A Winter’s Tale » de Mike Batt, « When A Child is Born » et « White Christmas » d’Irving Berlin. December est le premier album du groupe à inclure des reprises depuis leur premier album de 1965, The Magnificent Moodies.
En mars 2006, les cinq premiers albums du groupe ‘Core Seven’ (les sept albums de Days of Future Passed to Seventh Sojourn) sont réédités au format SACD avec des éditions Deluxe, avec des chansons bonus et quelques rares titres inédits du groupe. En avril 2007, les deux derniers de ces albums classiques sont réédités par Universal/Threshold. Ces éditions de luxe étaient uniques pour un groupe d’art rock comme les Moodies en ce sens qu’un de leurs membres, Justin Hayward, était chargé de faire le travail, au lieu d’un maître technicien professionnel. Justin Hayward a déclaré qu’il écoutait des copies vinyles vierges de ces albums et les utilisait comme points de référence pour les nouveaux disques compacts. En septembre 2008, Justin Hayward annonce la sortie imminente de versions remastérisées d’Octave, Long Distance Voyager et The Present qui seront publiées sur Universal Records dans les mois à venir. Le 21 mai 2007, les Moodies publient une compilation de quarante et une pistes, deux disques de sessions enregistrées aux studios de la BBC, diverses apparitions à la télévision et une performance précédemment perdue au Tom Jones Show intitulée Live at the BBC: 1967-1970.