La homología se encuentra en la base de los estudios comparativos en biología en todos los niveles, desde genes hasta fenotipos. La homología es similitud debido a la ascendencia común y la ascendencia, la homoplasia es similitud a la que se llega a través de la evolución independiente. Sin embargo, dado que no hay más que un árbol de la vida, todos los organismos, y por lo tanto todas las características de los organismos, comparten algún grado de relación y similitud unos con otros. Ese compartir puede ser similitud o incluso identidad de estructura y el compartir de un ancestro común más reciente, como en la homología de los brazos de los humanos y los simios, o puede reflejar algún grado (a menudo pequeño) de similitud, como el que existe entre las alas de los insectos y las alas de las aves, grupos cuyo ancestro compartido se encuentra en lo profundo de la historia evolutiva de los Metazoa. Puede reflejar compartir vías de desarrollo completas, compartir parcialmente o vías divergentes. Esta revisión compara características clasificadas como homólogas con las clases de características normalmente agrupadas como homoplásicas, estas últimas son convergencia, paralelismo, reversiones, rudimentos, vestigios y atavismos. Por un lado, los mecanismos de desarrollo pueden conservarse, incluso cuando una estructura completa no se forma (rudimentos, vestigios), o cuando una estructura aparece solo en algunos individuos (atavismos). Por otro lado, diferentes mecanismos de desarrollo pueden producir características similares (homólogas). El examen conjunto de la proximidad de la relación y el grado de desarrollo compartido revela un continuo dentro de una categoría expandida de homología, que se extiende desde la homología > reversiones> rudimentos rud> vestigios ves> atavismos > paralelismo, con la convergencia como única clase de homoplasia, una idea que resulta sorprendentemente antigua. Esta realineación proporciona un atisbo de una forma de unir los enfoques filogenéticos y de desarrollo con la homología y la homoplasia, un puente que debería proporcionar un pilar clave para la biología evolutiva del desarrollo (evo-devo). No alterará, y en un sentido práctico no puede, la forma en que se identifican las características homoplásticas en los análisis filogenéticos. Pero ver los rudimentos, las inversiones, los vestigios, los atavismos y el paralelismo más cercanos a la homología que a la homoplasia debería guiarnos hacia la búsqueda de los elementos comunes subyacentes a la formación del fenotipo (lo que algunos han llamado la homología profunda de los mecanismos genéticos y/o celulares), en lugar de discutir características en términos de evolución compartida o independiente.