The Moody Blues optrådte live på Birmingham Heart Beat velgørenhedskoncert 1986, der skaffede penge til Birmingham Børnehospital. Bandet spillede fire sange og leverede senere backup med Electric Light Orchestra til George Harrison.Moodies fortsatte deres tidlige videogenerationssucces med Sur la Mer (1988) og dens video og single, “Jeg ved, du er derude et sted” (No. 30 US, No. 52 UK, No. 2 US Mainstream Rock), en efterfølger til “dine vildeste drømme”. Deres lyd fik en stadig mere syntetisk og teknisk kvalitet, da Visconti og Visconti begyndte at bruge moderne sekvensere, samplere og trommemaskiner. I løbet af denne tid, Justin Hayard og John Lodge skrev og sang på de fleste af sangene, da bandet kom under pres fra deres nye pladeselskab, PolyGram Records, for at promovere dem, det anså for at være de to mere kommercielt udseende og klingende medlemmer. Ray Thomas spillede en formindsket rolle i studiet. Bandet udviklede sig til en synthpop-handling, med musik slet ikke egnet til en fløjte (skønt Ray Thomas faktisk leverede yderligere percussion, især en rask tamburin, på mange flere Moodies-sange, som fortsat blev vist, plus lejlighedsvis mundharmonika), og på dette tidspunkt blev han stort set henvist til status som backup sanger. Ray Thomas var også utilpas i denne periode, hvilket yderligere begrænsede hans engagement med bandet i optagestudiet. Han leverede nogle backing vokal til både den anden Side af livet og Sur la Mer; imidlertid førte flere produktionshensyn til, at Visconti forlod Ray Thomas’ vokal fra sidstnævnte af disse to albums og derved yderligere reducerede strukturen i deres samlede vokallyd, som havde været rige firedelte harmonier, derefter gik ned til tre, nu reduceret yderligere til bare de mere lignende klingende stemmer fra Justin Hayard og John Lodge (John Lodge leverede også falsetto vokal og høje harmonier), hvor Mike Pinder og Ray Thomas hver havde leveret både lavere og højere tonehøjde vokalharmonier i gruppens tidligere vokallyd. Bandets vokale ” lyd “var blevet blandingen af bare Justin-John Lodge, som stadig var genkendelig, hvis mindre struktureret end den originale firedelte, mere komplekse” kor ” lyd.

1990′ erne for at præsentere
afgang af Patrick Moras
Ray Thomas’ høje værdi forblev på scenen primært fra hans fortsatte evne til at synge sine Moodies-klassikere fra 1960 ‘erne og 1970’ erne, og også i fløjte-og keyboardduetter komponerede han med Moras, som kun blev udført af de to under Moodies ‘ koncerter. Bandet var begyndt at forstærke deres koncertlyd i 1986 med tilføjelsen af en anden keyboardist (Bias Boshell var den første, erstattet i 1987 af Guy Allison før Boshell vendte tilbage i 1990) samt kvindelige backing sangere.i 1991, halvvejs gennem produktionen af deres nye studiealbum, fremsatte Patrick nogle kommentarer i en artikel i Tastaturmagasinet, der antydede utilfredshed med hans rolle i Moodies. Hans klager varierede fra Moodies’ musik bliver for enkel i struktur, til de andre medlemmers modvilje mod at give ham mulighed for at yde betydelige bidrag til sangskrivning på deres albums. Han brugte også lange mængder tid på at planlægge en musikkoncert for at fejre sit hjemland 700-års jubilæum i stedet for at øve med Moodies. Han blev afskediget fra yderligere deltagelse i gruppen, før projektet blev afsluttet. Boshell og den nye keyboardist Paul Bliss blev bragt ind for at afslutte det nye album keyboardspor. På trods af kreditter som et “officielt bandmedlem”, der er inkluderet i gruppebilleder på de fire 80 ‘ers studioalbum fra “Long Distance Voyager” til “Sur La Mer” i de senere år henviser Moodies-Samlinger nu til Moras som blot at være en “ekstra keyboardist” Moras tog senere retssager mod gruppen i USA, som han vandt, men blev derefter kun tildelt $90.000 i tilbagebetaling på grund af regnskabsmæssige opbremsninger i stedet for de $4.000.000, han bad om.

nøgler til Kongeriget
nøgler til Kongeriget (1991) havde beskeden kommerciel succes. Endnu en gang førte Justin Hayards sange ud af albummet med de nye singler “sig det med kærlighed” og “velsign vingerne (der bringer dig tilbage)”. Også inkluderet var et nyt omgivende fløjtestykke af Ray Thomas med titlen “Celtic Sonant.”Justin og Ray Thomas var også med til at skrive” never Blame the Rainbuer for the Rain ” for at lukke albummet. John Lodge ville foretage et definerende skift i sin sangskrivning på dette album og efterlade sit varemærke med høj energi rockmusik og i stedet gravitere mod langsomme kærlighedsballader som “Lean On Me (Tonight)” (skønt han tidligere havde bidraget med nogle sange i denne blidere vene som “Emily’ s Song” til sin datter i 1971 og “Survival” i 1978 plus “Talking out of Turn” i 1981), mens John Lodges mere magtfulde sange fortsatte med “Magic” og Lennoneske “skygger på væggen”. Denne blidere tendens ville fortsætte på de to på hinanden følgende Moodies albums. Justin Hay skrev det drivende todelte stykke”sig hvad du mener”. Tony Visconti producerede nogle af sporene på “Keys”, ligesom Christopher Neil og Alan Tarney gjorde. På den efterfølgende tur blev de inviteret til at spille på festivalen. “Motorvej”, blev inkluderet på” sig det med kærlighed “tolv tommer single og på et senere bokssæt, mens vinylalbumet ikke inkluderede deres sang” Once is Enough ” som på compact disc-versionen.gruppen forblev en stabil koncerttrækning, og en række video-og lydversioner af deres 1992 Night At Red Rocks koncert nød stor succes, især som en fundraiser for amerikansk offentligt tv, hvor det først var blevet sendt. Koncerten blev dirigeret og arrangeret af Larry Baird, der har deltaget i mange andre bands orkestrale live koncerter, såsom Kansas, Michael Bolton, Three Dog Night, Al Jarreau og Alan Parsons. Gruppen fortsatte også deres brug af yderligere musikere på scenen og i studiet. Efter de to juridiske dragter fra begge Mike Pinder i 1981 og Patrick Moras i 1992 var bandet forsigtige med ikke at anerkende fremtidige keyboardspillere som officielle medlemmer. Efter hans bidrag som keyboardist på albummet ‘Keys Of The Kingdom’ har Paul Bliss spillet keyboards for bandet live siden 1991 og blev forfremmet til første keyboardist i 2001 (men er siden blevet erstattet i marts 2010 efter 19 års kontinuerlig service med bandet). Ray Thomas og Bliss fortsatte traditionen med en fløjte / keyboardduet til mange ture. Efter at Graeme Edge skadede sig i 1991, blev anden trommeslager Gordon Marshall bragt ind for at bakke ham op; han blev hos gruppen, efter at Graeme Edge kom sig og har været i stillingen siden.

Strange Times, 1990s tours
fra 1991 til 1998 tog gruppen en pause fra indspilningen og brugte tid på at prøve at perfektionere kunsten at optræde live med et orkester. Indspilningspausen sluttede i 1999 med albummet Strange Times, som viste sig at være gruppens første album i næsten to årtier, der blev mere end moderat modtaget af britiske kritikere, skønt Justin HAY blev citeret for at sige, at han var skuffet over albumets hitliste – sandsynligvis ikke hjulpet af den lange indspilningspause – som især var mindre end ‘Keys of the Kingdom’ i 1991. Det blev indspillet i Recco, Italien, efter Justin Hayards forslag, og var bandets første egenproducerede indsats. Albummet indeholdt også tastaturer og arrangementer fra Den Italienske musiker Danilo Madonia, der har arbejdet i studiet med bandet siden. Albummet åbnede med engelsk Solnedgang, en popsang med et moderne, næsten techno arrangement. Sangen This is the Moment( som ikke er på Strange Times), som oprindeligt var med i produktionen af Jekyll og Hyde, var et mindre hit i USA. Strange Times var også det første album siden 1970, der inkluderede et nyt digt af Graeme Edge, intet ændrer sig, fortalt af Graeme Edge selv, hvor Justin sang den afsluttende del af sporet og især afsluttet med at citere Mike Pinders sangtitel fra 1968 et simpelt spil. Også i 1999 optrådte Moody Blues i en episode af The Simpsons kaldet Viva Ned Flanders. På mærkelige tider optrådte Ray Thomas vokalt med Justin Hayard og John Lodge på før eller senere og hans egen korte sang My Little Lovely, plus leverede et vokaluddrag og backing vokal på Justin Hayards engelske Solnedgang; disse ville vise sig at være hans indspillede vokal svane sang med bandet.i 2000 udgav bandet Hall of Fame, en ny live koncert fra Royal Albert Hall, med en samtidig DVD-udgivelse. Dette blev taget fra den sidste tur, hvor Boshell spillede. Han forlod live lineup i 2001; Bliss overtog de første keyboardopgaver med sin tidligere anden keyboardrolle fyldt af Bernie og Julie Ragins da Barlove tog barselsorlov fra 2006 til 2009.i 2001 blev der udgivet en film med titlen Journey into fantastiske huler, som indeholdt to nye sange skrevet og udført af The Moody Blues. Soundtracket indeholdt også Justin, der udførte vokal og spillede guitar hele vejen igennem. En af disse sange med titlen vand, er Moody Blues ‘ første instrumentale studiooptagelse siden deres 1983 stykke hul i verden fra den nuværende LP.

Ray Thomas går på pension, December 2002
Det nye årtusinde så Moody Blues reducere deres turneringsplan. I slutningen af 2002, stiftende medlem Ray Thomas trak sig tilbage fra gruppen, reducere Moody Blues til trioen af Justin Hay, John Lodge og Graeme Edge, den sidste er den eneste oprindelige medlem tilbage. Fløjtenist og rytmegitarist Norda Mullen blev rekrutteret tidligt det følgende år til deres nordamerikanske tur, og har arbejdet med bandet live og i studiet siden. Mod slutningen af 2003 udgav de et album med titlen December. Sangene omfattede originaler og fire covers: John Lennons “Glade Jul (krigen er forbi)”, Mike Batt ‘ s “en Vinterfortælling”, “når et barn bliver født” og Irving Berlins “hvide jul”. December var gruppens første album, der inkluderede covers siden deres debutalbum fra 1965 The Magnificent Moodies.i marts 2006 blev de første fem af bandets ‘Core Seven’ albums (the seven albums from Days Of Future videre til Seventh Sojourn) genudgivet i SACD-format med luksuriøse udgaver med bonussange og nogle sjældne tidligere ikke udgivne numre af gruppen. I April 2007 blev de sidste to af disse klassiske albums genudgivet af Universal/Threshold. Disse luksusudgaver var unikke for en kunstrockgruppe som The Moodies, idet et af deres medlemmer, Justin Hay, var den, der blev taget til at udføre arbejdet, i stedet for en professionel mestertekniker. Justin sagde, at han lyttede til virgin vinyl kopier af disse albums og brugte dem som referencepunkter for de nye cd ‘ er. I September 2008 annoncerede Justin den forestående udgivelse af remasterede versioner af Octave, langdistance Voyager og nutiden, som vil blive frigivet på Universal Records i de kommende måneder. Den 21.maj 2007 udgav Moodies et enogfyrre spor, to-disk samling af sessioner optaget på BBC Studios, forskellige tv-optrædener og en tidligere ‘mistet’ forestilling udført på Tom Jones vis med titlen Live på BBC: 1967-1970.