The Moody Blues actuó en vivo en el Concierto Benéfico Birmingham Heart Beat de 1986, que recaudó dinero para el Hospital Infantil de Birmingham. La banda tocó cuatro canciones, y más tarde proporcionó apoyo con la Electric Light Orchestra para George Harrison.Los Moodies continuaron con su éxito de primera generación de videos con Sur La Mer (1988) y su video y single, «I Know You’re Out There Somewhere» (No.30 US, No. 52 UK, No. 2 US Mainstream Rock), una secuela de «Your Wildest Dreams». Su sonido adquirió una calidad cada vez más sintética y técnica a medida que Moraz y Visconti comenzaron a usar secuenciadores, samplers y cajas de ritmos modernos. Durante este tiempo, Justin Hayward y John Lodge escribieron y cantaron en la mayoría de las canciones, ya que la banda se vio presionada por su nueva compañía discográfica, PolyGram Records, para promover a aquellos que se consideraban los dos miembros más con aspecto comercial y sonido. Ray Thomas estaba haciendo un papel disminuido en el estudio. La banda estaba evolucionando hacia un grupo de synthpop, con música no apta para una flauta (aunque Ray Thomas en realidad proporcionó percusión adicional, en particular una enérgica pandereta, en muchas más canciones de Moodies que continuaron apareciendo, además de armónica ocasional), y en este punto fue relegado en gran medida al estado de cantante de respaldo. Ray Thomas también estaba enfermo durante este período, limitando aún más su participación con la banda en el estudio de grabación. Proporcionó algunos coros para The Other Side of Life y Sur La Mer; sin embargo, múltiples consideraciones de producción llevaron a Visconti a dejar la voz de Ray Thomas fuera del último de estos dos álbumes, reduciendo así aún más la textura de su sonido vocal general, que había sido rico en armonías de cuatro partes, luego se redujo a tres, ahora reducido aún más a las voces de sonido más similar de Justin Hayward y John Lodge (John Lodge también proporcionó voces de falsete y armonías altas), con Mike Pinder y Ray Thomas cada uno proporcionando armonías vocales de tono más bajo y más alto en el sonido vocal anterior del grupo. El «sonido» vocal de la banda se había convertido en la mezcla de Justin Hayward-John Lodge, que todavía era reconocible, aunque menos texturizado que el sonido «coral» original de cuatro partes, más complejo.

de 1990 a la fecha
Salida de Patrick Moraz
El alto valor de Ray Thomas se mantuvo en el escenario principalmente por su continua capacidad para cantar sus clásicos de Moodies de los años 1960 y 1970, y también en dúos de flauta y teclado que compuso con Moraz, que solo fueron interpretados por los dos durante los conciertos de Moodies. La banda había comenzado a reforzar su sonido de concierto en 1986 con la adición de un segundo teclista (Bias Boshell fue el primero, reemplazado en 1987 por Guy Allison antes de que Boshell regresara en 1990), así como coristas femeninas.En 1991, a mitad de la producción de su nuevo álbum de estudio, Patrick Moraz hizo algunos comentarios en un artículo en la revista Keyboard que sugería insatisfacción con su papel en The Moodies. Sus quejas iban desde que la música de los Moodies se volviera demasiado simple en estructura, hasta la renuencia de los otros miembros a permitirle hacer contribuciones significativas a la composición de sus álbumes. También pasaba mucho tiempo planeando un concierto de música para celebrar el 700 aniversario de su Suiza natal, en lugar de ensayar con los Moodies. Fue despedido de seguir participando en el grupo antes de que se completara el proyecto. Boshell y el nuevo teclista Paul Bliss fueron traídos para terminar las pistas de teclado del nuevo álbum. A pesar de que los créditos como «miembro oficial de la banda» se incluyeron en las fotos del grupo en los cuatro álbumes de estudio de los 80, desde «Long Distance Voyager» hasta «Sur La Mer» en los últimos años, las compilaciones de Moodies ahora se refieren a Moraz como simplemente un «tecladista adicional», Moraz luego tomó acciones legales contra el grupo en los Estados Unidos, que ganó, pero luego se le otorgó solo 9 90.000 en pagos atrasados debido a retrasos contables en lugar de los 4 4.000.000 que estaba pidiendo.Keys of the Kingdom (1991) tuvo un modesto éxito comercial. Una vez más, las canciones de Justin Hayward abrieron el álbum, con los nuevos singles «Say it With Love» y «Bless the Wings (That Bring You Back)». También se incluyó una nueva pieza para flauta ambient de Ray Thomas titulada «Celtic Sonant». Justin Hayward y Ray Thomas también co-escribieron «Never Blame the Rainbows for the Rain» para cerrar el álbum. John Lodge haría un cambio definitorio en su composición en este álbum, dejando su marca registrada música rock de alta energía, y en su lugar gravitando hacia baladas de amor lentas como » Lean on Me (Tonight) «(aunque anteriormente había contribuido con algunas canciones en esta vena más suave como» Emily’s Song «para su hija en 1971 y» Survival «en 1978, más» Talking out of Turn «en 1981), mientras que las canciones más poderosas de John Lodge continuaron con» Magic «y el Lennonesco»Shadows on the Wall». Esta tendencia más suave continuaría en los dos álbumes sucesivos de Moodies. Justin Hayward escribió la pieza de conducción de dos partes «Say What You Mean». Tony Visconti produjo algunas de las canciones de «Keys», al igual que Christopher Neil y Alan Tarney. La gira posterior los invitó a tocar en el Festival de Jazz de Montreux. Una canción de Justin Hayward-John Lodge grabada en estas sesiones,» Highway», fue incluida en el sencillo de doce pulgadas» Say it With Love «y en un box set posterior, mientras que el álbum de vinilo no incluyó su canción» Once is Enough » como en la versión de disco compacto.
El grupo siguió siendo una atracción constante de conciertos, y una serie de versiones de video y audio de su concierto de 1992 Night at Red Rocks disfrutaron de un gran éxito, particularmente como recaudación de fondos para la televisión pública estadounidense, donde se había transmitido por primera vez. El concierto fue dirigido y organizado por Larry Baird, quien ha participado en conciertos orquestales en vivo de muchas otras bandas, como Kansas, Michael Bolton, Three Dog Night, Al Jarreau y Alan Parsons. El grupo también continuó su uso de músicos adicionales en el escenario y en el estudio. Después de las dos demandas legales de Mike Pinder en 1981 y Patrick Moraz en 1992, la banda tuvo cuidado de no reconocer a los futuros teclistas como miembros oficiales. A raíz de sus contribuciones como teclista en el álbum ‘Keys of the Kingdom’, Paul Bliss ha tocado los teclados para la banda en vivo desde 1991, siendo promovido a primer teclista en 2001 (pero desde entonces ha sido reemplazado en marzo de 2010 después de 19 años de servicio continuo con la banda). Ray Thomas y Bliss continuaron la tradición de un dúo de flauta y teclado para muchas giras. Después de que Graeme Edge se lesionara en 1991, el segundo baterista Gordon Marshall fue traído para apoyarlo; se quedó con el grupo después de que Graeme Edge se recuperara y ha permanecido en la posición desde entonces.

Strange Times, giras de la década de 1990
De 1991 a 1998, el grupo se tomó un descanso de la grabación y pasó un tiempo tratando de perfeccionar el arte de tocar en vivo con una orquesta. La pausa de grabación terminó en 1999, con el álbum Strange Times, que resultó ser el primer álbum del grupo en casi dos décadas en ser más que moderadamente recibido por los críticos británicos, aunque Justin Hayward fue citado diciendo que estaba decepcionado por el rendimiento en las listas del álbum, probablemente no ayudado por la larga pausa de grabación, que fue notablemente menor que ‘Keys of the Kingdom’ en 1991. Fue grabado en Recco, Italia, por sugerencia de Justin Hayward, y fue el primer trabajo de producción propia de la banda. El álbum también contó con teclados y arreglos del músico italiano Danilo Madonia, quien ha trabajado en el estudio con la banda desde entonces. El álbum comenzó con English Sunset, una canción pop con un arreglo moderno, casi techno. La canción This is the Moment (que no está en Strange Times), que originalmente apareció en la producción de Broadway de Jekyll and Hyde, fue un éxito menor en los Estados Unidos. Strange Times fue también el primer álbum desde 1970 en incluir un nuevo poema de Graeme Edge, Nothing Changes, narrado por el propio Graeme Edge, con Justin Hayward cantando la parte final de la canción, y concluyó notablemente citando el título de la canción de Mike Pinder de 1968, A Simple Game. También en 1999, The Moody Blues apareció en un episodio de Los Simpson llamado Viva Ned Flanders. En Strange Times, Ray Thomas apareció vocalmente con Justin Hayward y John Lodge en Sooner or Later (Walkin’ on Air) y su propia canción breve My Little Lovely, además de proporcionar un fragmento vocal y coros en English Sunset de Justin Hayward; estos serían su canto de cisne grabado con la banda.En 2000, la banda lanzó Hall of Fame, un nuevo concierto en vivo del Royal Albert Hall, con un lanzamiento simultáneo en DVD. Esto fue tomado de la última gira en la que tocó Boshell. Dejó la alineación en vivo en el 2001; Bliss se hizo cargo de las primeras tareas de teclado, con su antiguo segundo papel de teclado ocupado por Bernie Barlow y Julie Ragins cuando Barlow tomó licencia por maternidad de 2006 a 2009.En 2001, se lanzó una película IMAX, titulada Journey into Amazing Caves, que presentaba dos nuevas canciones escritas e interpretadas por The Moody Blues. La banda sonora también contó con Justin Hayward cantando y tocando la guitarra en todo momento. Una de estas canciones, titulada Water, es la primera grabación instrumental de estudio de The Moody Blues desde su pieza de 1983 Hole in the World del Presente LP.

Ray Thomas se retira, diciembre de 2002
El nuevo milenio vio a los Moody Blues reducir su horario de giras. A finales de 2002, el miembro fundador Ray Thomas se retiró del grupo, reduciendo the Moody Blues al trío de Justin Hayward, John Lodge y Graeme Edge, siendo el último el único miembro original que quedaba. El flautista y guitarrista rítmico Norda Mullen fue reclutado a principios del año siguiente para su gira por América del Norte, y ha trabajado con la banda en vivo y en el estudio desde entonces. A finales de 2003, lanzaron un álbum titulado December. Las canciones incluyen originales y cuatro versiones: «Happy Xmas (War Is Over)» de John Lennon, «A Winter’s Tale» de Mike Batt, «When A Child is Born» y «White Christmas»de Irving Berlin. Diciembre fue el primer álbum del grupo en incluir covers desde su álbum debut de 1965 The Magnificent Moodies.En marzo de 2006, los primeros cinco de los álbumes Core Seven de la banda (los siete álbumes de Days of Future Passed to Seventh Sojourn) fueron relanzados en formato SACD con Ediciones de Lujo, con canciones extra y algunas canciones inéditas del grupo. En abril de 2007, los dos últimos de estos álbumes clásicos fueron reeditados por Universal/Threshold. Estas ediciones de lujo fueron únicas para un grupo de art rock como the Moodies en el que uno de sus miembros, Justin Hayward, fue el encargado de hacer el trabajo, en lugar de un maestro técnico profesional. Justin Hayward declaró que escuchó copias en vinilo virgin de estos álbumes y los usó como puntos de referencia para los nuevos discos compactos. En septiembre de 2008, Justin Hayward anunció el inminente lanzamiento de versiones remasterizadas de Octave, Long Distance Voyager y The Present, que se lanzarán en Universal Records en los próximos meses. El 21 de mayo de 2007, The Moodies lanzó una cuarenta y una pista, una compilación de dos discos de sesiones grabadas en BBC Studios, varias apariciones en televisión y una actuación previamente «perdida» realizada en The Tom Jones Show titulada Live at the BBC: 1967-1970.