Episcop auxiliar de San FranciscoEdit

la 6 iulie 2010, McElroy a fost numit episcop auxiliar pentru San Francisco și episcop titular de Gemellae în Byzacena de Papa Benedict al XVI-lea. la 7 septembrie 2010, McElroy a primit consacrarea episcopală de la Arhiepiscopul George Hugh Niederauer din San Francisco, cu Arhiepiscopul emerit John Raphael Quinn din San Francisco și episcopul John Charles Wester Co-Consacratori. Ca episcop auxiliar, McElroy a fost Vicarul Arhiepiscopiei pentru viața și dezvoltarea Parohiei.

scriind în America în 2014, el a susținut că accentul Papei Francisc asupra inegalității în învățătura socială catolică

nu a mers bine cu mulți Catolici Americani, care i-au criticat declarația pentru că este radicală, simplistă și confuză. Această respingere stă în contrast puternic și grăitor cu primirea altfel entuziastă cu care s-a întâlnit noul papă în Statele Unite. Din momentul alegerii sale, Papa Francisc a captat atenția poporului American cu mesajul și maniera sa, chiar dacă ne-a provocat pe toți la o profundă reînnoire și reformă în viața noastră. Americanii iau inima în chemarea Papei de a construi o cultură ecleziastică care să alunge judecata; ei aplaudă reformele structurale la Vatican; și admiră concentrarea continuă a lui Francisc asupra nevoilor pastorale ale bărbaților și femeilor obișnuite.

Episcop de San DiegoEdit

la 3 martie 2015, McElroy a fost numit al șaselea Episcop de San Diego de către Papa Francisc, succedându-i regretatului Episcop Cirilo Flores. Eparhia servește aproximativ un milion de catolici din San Diego și județele Imperiale. Instalarea sa a avut loc pe 15 aprilie 2015, la Biserica Catolică Sf.McElroy este considerat un susținător al politicilor progresiste ale Papei Francisc. El a scris frecvent și pe larg despre inegalitatea socială și despre misiunea de justiție socială a Bisericii. În prima sa apariție publică în San Diego, el s-a angajat să susțină cauza persoanelor fără adăpost, să sprijine reforma cuprinzătoare a imigrației și să interzică oricui a abuzat minori să slujească în cler sau în alte locuri de muncă din eparhie.

într-o discuție între formarea documentului din 2015 „formarea conștiințelor pentru cetățenia fidelă” de către Conferința Episcopilor Catolici din Statele Unite (USCCB), McElroy a susținut că documentul s-a concentrat excesiv asupra avortului și eutanasiei. El a spus că ” pe lângă problemele avortului și Eutanasiei, care sunt probleme centrale în efortul nostru de a transforma această lume, sărăcia și degradarea pământului sunt, de asemenea, centrale. Dar acest document păstrează structura viziunii Mondiale din 2007. Se înclină în favoarea avortului și eutanasiei și exclude sărăcia și mediul.”El a cerut ca acesta să fie casat în întregime. Comentariile sale s-au raportat că l-au iritat vizibil pe cardinalul Daniel DiNardo, care servea atunci ca vicepreședinte al USCCB și care ulterior a devenit președintele acesteia. Într-un discurs ținut pe 17 februarie 2016, McElroy a cerut catolicilor „să recunoască și să se confrunte cu valul urât al bigotismului anti-Islamic” din Statele Unite. El a denunțat drept” falsuri repetate ” afirmațiile că Islamul este o religie violentă și a comparat aceste acuzații cu anti-catolicismul secolului 19 din America.

McElroy este în prezent vicepreședinte al Conferinței Catolice din California și servește la USCCB în Comitetul administrativ, Comitetul Ecumenic, Comisia pentru Justiție internă și Comisia pentru Afaceri Internaționale.

în 2017 a predicat la înmormântarea Arhiepiscopului John R. Quinn din San Francisco.McElroy, la fel ca majoritatea membrilor ierarhiei Bisericii, inclusiv Papa Francisc și USCCB, s–a opus planurilor președintelui american Donald Trump de a construi un zid de-a lungul frontierei Mexic-Statele Unite pentru a limita imigrația ilegală. În martie 2018, Trump a vizitat California pentru a vedea prototipuri pentru Zid. După vizită, McElroy a spus: „este o zi tristă pentru țara noastră când schimbăm simbolismul maiestuos și plin de speranță al Statuii Libertății cu un zid ineficient și grotesc, care afișează și inflamează diviziunile etnice și culturale care au fost mult timp partea inferioară a istoriei noastre naționale.”la o întâlnire din 2018, McElroy a fost întrebat de mai mulți catolici laici despre un bărbat homosexual, Aaron Bianco, care lucra la Parohia Sf. Ca răspuns la una dintre întrebările lor, McElroy a spus: „dacă Biserica i-ar elimina pe toți angajații care nu trăiesc învățăturile Bisericii în plinătatea ei, am angaja doar îngeri.”

în 2016, McElroy a primit o scrisoare de la psihoterapeutul și expertul clerical în abuzuri sexuale Richard Sipe discutând presupusa abatere sexuală a Cardinalului pensionar Theodore McCarrick. Într-o discuție anterioară, McElroy îi ceruse lui Sipes orice material coroborat pentru a-și susține acuzațiile.

„l-am întrebat dacă îmi poate împărtăși aceste informații, mai ales că unele dintre acuzațiile sale au implicat persoane încă active în viața Bisericii. Dr. Sipe a spus că i s-a interzis să împărtășească informații documentare specifice care i-au coroborat afirmațiile….Dr. Sipe a adus multe contribuții semnificative la înțelegerea dimensiunilor abuzului sexual al clerului în Statele Unite și la asistența victimelor. Dar limitările dorinței sale de a împărtăși informații coroborate au făcut imposibilă cunoașterea a ceea ce era real și a ceea ce era zvon.”

presupusele acțiuni ale lui McCarrick au devenit publice în iunie 2018 și a fost îndepărtat din Ministerul public după ce o acuzație a fost considerată credibilă de Vatican.

în 2020, cu 3 săptămâni înainte de alegerile prezidențiale din SUA, McElroy i-a criticat pe cei care pun la îndoială credința catolică personală a lui Biden pe baza pozițiilor sale cu privire la avort, denunțând-o ca „un asalt asupra sensului a ceea ce înseamnă să fii catolic.”McElroy a spus că, deși actele de avort sunt intrinsec rele, legislația cu privire la acesta este o chestiune de judecată prudențială și, în plus, că identitatea Catolică nu stă sau cade pe o singură poziție politică. Învățătura și identitatea socială catolică cuprind lucruri precum solidaritatea, compasiunea, dragostea pentru biserică și „a avea o relație plină de har cu Dumnezeu”.