identificarea genelor pleiotropice și a seturilor de gene care stau la baza trăsăturilor de creștere și imunitate: un studiu de caz asupra porcilor Meishan
atât creșterea, cât și capacitatea imună sunt trăsături importante în creșterea animalelor. Baza de date animal quantitative trait loci (QTL) este o resursă valoroasă și poate fi utilizată pentru interpretarea mecanismelor genetice care stau la baza creșterii și a trăsăturilor imune. Cu toate acestea, intervalele QTL implică adesea prea multe gene candidate pentru a găsi adevăratele gene cauzale. Prin urmare, scopul acestui studiu a fost de a oferi o conductă eficientă de adnotare care să poată utiliza pe deplin informațiile despre adnotarea Termenilor ontologiei genetice, blocurile de gene de legătură și căile pentru a identifica în continuare genele pleiotropice și seturile de gene în intervalele suprapuse ale QTLs legate de creștere și imunitate. În total, au fost identificate 55 de intervale de suprapunere QTL non-redundante, 1893 gene legate de creștere și 713 gene legate de imunitate au fost clasificate în continuare în intervale de suprapunere și 405 gene pleiotropice împărtășite de cele două seturi de gene au fost determinate. În plus, au fost descoperite 19 blocuri de legătură genică pleiotropică și 67 de căi legate de imunitate și trăsături de creștere. Au fost identificate, de asemenea, un total de 343 de gene legate de creștere și 144 de gene legate de imunitate implicate în căile pleiotropice. De asemenea, am secvențiat și genotipat 284 de indivizi de la porci Meishan chinezi și porci europeni și am cartografiat polimorfismele nucleotidice unice (SNP) la genele pleiotropice și seturile de gene pe care le-am identificat. Un total de 971 SNP-uri de înaltă încredere au fost mapate la genele pleiotropice și seturile de gene pe care le-am identificat, iar dintre acestea 743 SNP-uri au fost semnificative statistic în frecvența alelelor între Meishan și porcii europeni. Acest studiu explorează relația dintre trăsăturile de creștere și Imunitate din punctul de vedere al intervalelor de suprapunere QTL și poate fi generalizat pentru a explora relațiile dintre alte trăsături.