Războiul Onin (1467-1477), provocat de o dispută succesorală în cadrul Shogunatului Ashikaga, a văzut o defalcare distinctă a Comandamentului central și o răscoală între un număr de clanuri daimyo care se luptă pentru dominație. Acest lucru a dus la Sengoku, sau perioada statelor războinice.

mulți Sengoku-daimyo erau foști Shugo-daimyo, care s-au ridicat din rândurile oficialilor provinciali, deputaților sau din terenurile locale care dețineau samurai. Peste 150 de ani de război au continuat între stăpânii războiului daimyo până la apariția Oda Nobunaga și planurile sale de unificare, completate de generalul său capabil Toyotomi Hideyoshi, care a uzurpat puterea Oda la moartea lui Nobunaga și, în cele din urmă, de Tokugawa Ieyasu. Stăpânii războiului au fost împărțiți în două mari armate după moartea lui Toyotomi Hideyoshi în 1598, cu cei care susțineau clanul Toyotomi aflat la guvernare în forțele occidentale și cei care susțineau puternicul daimyo, Tokugawa Ieyasu în forțele estice. Cea mai decisivă bătălie a fost purtată în octombrie 1600 la Sekigahara, iar în calitate de victor, Tokugawa Ieyasu și-a asumat rolul de Shogun.

au existat trei tipuri de daimyo în perioada Edo, Tozama, Fudai și shinpan daimyo. Urmărind Bătălia de la Sekigahara în 1600, Ieyasu a reorganizat aproximativ 200 de daimyo și domeniile lor, pe baza relației lor cu clanul Tokugawa.

Tozama, sau daimyo „exterior” erau cei care nu erau foști aliați sau aveau motive de îngrijorare. Ei au fost rareori, dacă vreodată, a oferit poziții guvernamentale. Căsătoriile aranjate între familiile Tozama daimyo și clanul Tokugawa și politicile Sankin Kotai (prezență alternativă la curte) le-au ținut sub control strict.