Los órganos químicamente sensibles, utilizados por muchos reptiles para encontrar a sus presas, se encuentran en la nariz y en el techo de la boca. Parte del revestimiento de la nariz está formado por células que cumplen la función del olfato y corresponden a células similares en otros vertebrados. El segundo quimiorreceptor es el órgano de Jacobson, que se originó como una salida del saco nasal en anfibios; permaneció como tal en tuátara y cocodrilos. El órgano de Jacobson está más desarrollado en lagartos y serpientes, en los que su conexión con la cavidad nasal se ha cerrado y se reemplaza por una abertura en la boca. El nervio que conecta el órgano de Jacobson con el cerebro es una rama del nervio olfativo. En las tortugas, el órgano de Jacobson se ha perdido.

El uso del órgano de Jacobson es más evidente en las serpientes. Si un fuerte olor o vibración estimula a una serpiente, su lengua entra y sale rápidamente. Con cada retracción, la punta bifurcada toca el techo de la boca cerca de la abertura del órgano de Jacobson, transfiriendo cualquier partícula de olor adherida a la lengua. En efecto, el órgano de Jacobson es un quimiorreceptor de corto alcance de olores no transmitidos por el aire, en contraste con la detección de olores en el aire, que huelen en el sentido habitual, mediante parches sensoriales olfativos en el tubo nasal.

Algunas serpientes (en particular las víboras grandes) y lagartos escleroglosos (como los zorrillos, los monitores y las especies de madrigueras de otras familias) dependen del tejido olfativo y del órgano de Jacobson para localizar el alimento, casi con exclusión de otros sentidos. Otros reptiles, como ciertos lagartos diurnos y cocodrilos, parecen no usar el olor en la búsqueda de presas, aunque pueden usar su sentido del olfato para localizar a una pareja.

Las víboras de pozo (familia Viperidae), boas y pitones (familia Boidae), y algunas otras serpientes tienen órganos especiales sensibles al calor (receptores infrarrojos) en sus cabezas como parte de su aparato de detección de alimentos. Justo debajo y detrás de la fosa nasal de una víbora de pozo está el pozo que le da al grupo su nombre común. Las escamas de los labios de muchas pitones y boas tienen depresiones (fosas labiales) que son análogas a la fosa de la víbora. Las fosas labiales de pitones y boas están revestidas con piel más delgada que la que cubre el resto de la cabeza y están provistas de redes densas de capilares sanguíneos y fibras nerviosas. La fosa facial de la víbora es relativamente más profunda que las fosas labiales de la boa y consta de dos cámaras separadas por una membrana delgada que contiene un rico suministro de vasos sanguíneos y nervios finos. En experimentos con bombillas eléctricas cubiertas de frío y calor, se ha demostrado que las víboras de pozo y las boas con hoyos detectan diferencias de temperatura de menos de 0,6 ° C (1,1 ° F).

Muchas víboras de pozo, pitones y boas son nocturnas y se alimentan en gran medida de mamíferos y aves. Los receptores infrarrojos, ubicados en la cara, permiten a estos reptiles dirigir sus ataques con precisión en la oscuridad, una vez que su presa de sangre caliente llega a su alcance. El acercamiento de la presa es probablemente identificado por las vibraciones que producen en el suelo; sin embargo, también se usa el sentido de la vista y tal vez incluso el sentido del olfato. Los órganos del pozo simplemente confirman la identidad de la presa y apuntan al ataque.