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identificação de genes pleiotrópicos e conjuntos de genes subjacentes ao crescimento e traços de imunidade: um estudo de caso sobre suínos Meishan

tanto o crescimento como a capacidade imunitária são características importantes na reprodução animal. O banco de dados animal quantitative trait loci (QTL) é um recurso valioso e pode ser usado para interpretar os mecanismos genéticos subjacentes ao crescimento e características imunitárias. No entanto, intervalos QTL muitas vezes envolvem muitos genes candidatos para encontrar os verdadeiros genes causais. Portanto, o objetivo deste estudo foi fornecer um oleoduto de anotação eficaz que pode fazer pleno uso da informação dos Termos ontológicos de genes anotação, blocos de genes interligados e vias para identificar mais genes pleiotrópicos e conjuntos de genes nos intervalos de sobreposição de qtls relacionados com o crescimento e imunidade. No total, 55 intervalos de sobreposição QTL não redundantes foram identificados, genes relacionados com o crescimento de 1893 e 713 genes relacionados com a imunidade foram ainda classificados em intervalos sobrepostos e 405 genes pleiotrópicos compartilhados pelos dois conjuntos de genes foram determinados. Além disso, 19 blocos de ligação pleiotrópica do gene e 67 vias relacionadas com a imunidade e traços de crescimento foram descobertos. Um total de 343 genes relacionados com o crescimento e 144 genes relacionados com a imunidade envolvidos em vias pleiotrópicas também foram identificados, respectivamente. Nós também sequenciamos e genotipamos 284 indivíduos de porcos Meishan chineses e porcos europeus e mapeamos os polimorfismos nucleótidos únicos (SNPs) para os genes pleiotrópicos e conjuntos de genes que identificamos. Um total de 971 SNPs de alta confiança foram mapeados para os genes pleiotrópicos e conjuntos de genes que identificamos, e entre eles 743 SNPs foram estatisticamente significantes em frequência alélica entre Meishan e porcos europeus. Este estudo explora a relação entre o crescimento e traços de imunidade do ponto de vista da sobreposição de intervalos QTL e pode ser generalizado para explorar as relações entre outros traços.

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