The Moody Blues wystąpili na żywo podczas koncertu charytatywnego Birmingham Heart Beat 1986, który zebrał pieniądze dla Szpitala Dziecięcego w Birmingham. Zespół zagrał cztery utwory, a później zapewnił wsparcie z Electric Light Orchestra dla George ’ a Harrisona.
The Moodies kontynuowali swój wczesny sukces wideo-generation z Sur La Mer (1988) i jej wideo i singiel, „I Know You’ re Out There Somewhere” (No.30 US, No. 52 UK, No. 2 US Mainstream Rock), sequel „Your Wildest Dreams”. Ich brzmienie nabrało coraz bardziej syntetycznej i technicznej jakości, ponieważ Moraz I Visconti zaczęli używać nowoczesnych sekwencerów, samplerów i automatów perkusyjnych. W tym czasie Justin Hayward i John Lodge napisali i zaśpiewali większość piosenek, ponieważ zespół znalazł się pod presją nowej wytwórni płytowej PolyGram Records, aby promować tych, którzy uważali się za dwóch bardziej komercyjnie wyglądających i brzmiących członków. W studiu główną rolę zagrał Ray Thomas. Zespół rozwijał się w synthpop, z muzyką zupełnie nie nadającą się na flet (chociaż Ray Thomas faktycznie zapewniał dodatkową perkusję, zwłaszcza energiczny tamburyn, na wielu innych Moodach, które nadal były prezentowane, plus sporadyczne harmonijki) i w tym momencie został w dużej mierze zdegradowany do statusu wokalisty rezerwowego. Ray Thomas również źle się poczuł w tym okresie, co dodatkowo ograniczyło jego zaangażowanie z zespołem w studio nagraniowym. Podkładał wokale zarówno dla the Other Side of Life, jak i Sur La Mer; jednak liczne względy produkcyjne skłoniły Viscontiego do opuszczenia wokalu Raya Thomasa z tych dwóch albumów, co dodatkowo zmniejszyło fakturę ich ogólnego brzmienia wokalnego, które było bogatym czteroczęściowym brzmieniem, a następnie zmniejszyło się do trzech, teraz jeszcze bardziej zredukowane do bardziej podobnych brzmień głosów Justina Haywarda i Johna Lodge ’ a (John Lodge również zapewniał falsetowe wokale i wysokie Harmonie), a Mike Pinder i Ray Thomas zapewnili zarówno niższe, jak i wyższe harmonie wokalne we wcześniejszym brzmieniu grupy. Wokalne „brzmienie” zespołu stało się mieszanką Justina Haywarda-Johna Lodge ’ a, który był nadal rozpoznawalny, jeśli był mniej teksturowany niż oryginalny czteroczęściowy, bardziej złożony „chóralny” dźwięk.

lata 90.do zaprezentowania
odejścia Patricka Moraza
Wysoka wartość Raya Thomasa pozostała na scenie przede wszystkim dzięki jego ciągłej zdolności do śpiewania klasyki Moodies z lat 60. i 70., a także w duetach fletowych i klawiszowych, które komponował z Morazem, które były wykonywane tylko przez nich podczas koncertów Moodies. Zespół zaczął wzmacniać swoje brzmienie koncertowe w 1986 roku, dodając drugiego klawiszowca (Bias Boshell był pierwszym, zastąpiony w 1987 roku przez Guya Allison, zanim Boshell powrócił w 1990 roku), a także wokalistki wspierające.
w 1991 roku, w połowie produkcji nowego albumu studyjnego, Patrick Moraz skomentował artykuł w magazynie Keyboard, który sugerował niezadowolenie z jego roli w Moodies. Jego skargi wahały się od tego, że muzyka Moodies stała się zbyt prosta w strukturze, do niechęci innych członków, aby umożliwić mu znaczący wkład w pisanie piosenek na ich albumach. Spędzał również dużo czasu planując koncert muzyczny z okazji 700-lecia swojej rodzinnej Szwajcarii, zamiast ćwiczyć z Moodies. Został zwolniony z dalszego udziału w grupie przed zakończeniem projektu. Boshell i Nowy keyboardzista Paul Bliss zostali sprowadzeni, aby zakończyć utwory keyboardowe nowego albumu. Pomimo, że w ostatnich latach Moodies compilations jako „oficjalny członek zespołu” było zawarte na zdjęciach grupy na czterech albumach studyjnych z lat 80-tych, od „Long Distance Voyager” do „Sur La Mer”, Moraz był jedynie „dodatkowym keyboardzistą”, który później podjął działania prawne przeciwko grupie w Stanach Zjednoczonych, które wygrał, ale otrzymał tylko 90 000 dolarów zaległej wypłaty z powodu spowolnienia księgowego zamiast 4 000 000 dolarów, o które prosił.

klucze królestwa
Keys of the Kingdom (1991) odniósł skromny sukces komercyjny. Po raz kolejny utwory Justina Haywarda znalazły się na płycie, a nowe single „Say It With Love „I”Bless the Wings (That Bring You Back)”. W zestawie znalazł się również nowy utwór ambientowy Raya Thomasa zatytułowany ” Celtic Sonant.”Justin Hayward i Ray Thomas również napisali ” Never blame the Rainbows for the Rain”, aby zamknąć album. John Lodge dokonał decydującej zmiany w pisaniu piosenek na tym albumie, pozostawiając swoją charakterystyczną wysokoenergetyczną muzykę rockową i zamiast tego skłaniając się ku powolnym Balladom miłosnym, takim jak „Lean On Me (Tonight)” (chociaż wcześniej napisał kilka łagodniejszych piosenek, takich jak „Emily’ s Song” dla swojej córki w 1971 i „Survival” w 1978 oraz „Talking out of Turn” w 1981), podczas gdy mocniejsze utwory Johna Lodge ’ a kontynuowały „Magic” i Lennoneski „Shadows on the Wall”. Ten łagodniejszy trend utrzymał się na dwóch kolejnych albumach Moodies. Justin Hayward napisał dwuczęściowy utwór „Say What You Mean”. Tony Visconti wyprodukował część utworów na „Keys”, podobnie jak Christopher Neil i Alan Tarney. Po zakończeniu trasy koncertowej zostali zaproszeni na Montreux Jazz Festival. Nie-albumowy utwór Justina Haywarda-Johna Lodge ’ a, „Highway”, znalazł się na dwunastocalowym singlu „Say It With Love” oraz na późniejszym box secie, natomiast na winylowym albumie nie znalazł się ich utwór „Once is Enough”, jak na wersji compact disc.
Grupa utrzymała się na stałym poziomie, a seria wersji wideo i audio ich koncertu Night at Red Rocks z 1992 roku cieszyła się dużym powodzeniem, szczególnie jako zbiórka pieniędzy dla amerykańskiej telewizji publicznej, gdzie była po raz pierwszy transmitowana. Koncert został poprowadzony i zaaranżowany przez Larry’ ego Bairda, który brał udział w wielu koncertach orkiestrowych innych zespołów, takich jak Kansas, Michael Bolton, Three Dog Night, Al Jarreau i Alan Parsons. Grupa kontynuowała również korzystanie z dodatkowych muzyków na scenie i w studiu. Po dwóch pozwach prawnych Mike ’ a Pindera w 1981 i Patricka Moraza w 1992, zespół był ostrożny, aby nie uznać przyszłych klawiszowców za oficjalnych członków. Po swoim wkładzie jako klawiszowiec na albumie „Keys of the Kingdom”, Paul Bliss grał na instrumentach klawiszowych zespołu na żywo od 1991 roku, awansując na pierwszego klawiszowca w 2001 roku (ale od tego czasu został zastąpiony w marcu 2010 roku po 19 latach nieprzerwanej pracy z zespołem). Ray Thomas i Bliss kontynuowali tradycję duetu fletowo-klawiszowego przez wiele tournée. Po kontuzji Graeme 'a Edge’ a w 1991 roku, drugi perkusista Gordon Marshall został sprowadzony, aby go wesprzeć; pozostał z grupą po tym, jak Graeme Edge wyzdrowiał i pozostał na tym stanowisku od tego czasu.

Strange Times, trasy koncertowe z Lat 90.
w latach 1991-1998 Grupa przerwała nagrywanie i poświęciła czas na doskonalenie sztuki występu na żywo z orkiestrą. Przerwa w nagrywaniu zakończyła się w 1999 roku albumem Strange Times, który okazał się pierwszym albumem grupy od prawie dwóch dekad i został umiarkowanie przyjęty przez Brytyjską krytykę, chociaż Justin Hayward powiedział, że jest rozczarowany wynikami na listach przebojów – prawdopodobnie nie pomogła mu długa przerwa w nagrywaniu – która była znacznie mniejsza niż „Keys of the Kingdom” w 1991 roku. Został nagrany w Recco we Włoszech, za sugestią Justina Haywarda i był pierwszym samodzielnym dziełem zespołu. Na płycie znalazły się również instrumenty klawiszowe i aranżacje włoskiego muzyka Danilo Madonia, który od tego czasu pracuje w studio z zespołem. Album otworzył angielski Sunset, popowy utwór z nowoczesną, niemal techno aranżacją. Piosenka This is the Moment (która nie jest na Strange Times), która pierwotnie pojawiła się w broadwayowskiej produkcji Jekylla i Hyde ’ a, była niewielkim hitem w USA. Strange Times był również pierwszym albumem od 1970 roku zawierającym nowy wiersz Graeme 'a Edge’ a, Nothing Changes, opowiadany przez samego Graeme 'a Edge’ a, z Justinem Haywardem śpiewającym końcową część utworu, a zwłaszcza zakończonym cytatem Mike ’ a Pindera z 1968 roku A Simple Game. Również w 1999 roku The Moody Blues pojawił się w jednym z odcinków serialu Simpsonowie pt. Viva Ned Flanders. Na Strange Times Ray Thomas pojawił się wokalnie z Justinem Haywardem i Johnem Lodge’ em w programie Sooner or Later (Walkin ’ on Air) i jego własną krótką piosenką My Little Lovely, a także dostarczył fragment wokalny i wokal wspierający w angielskim Sunset Justina Haywarda; te okazałyby się być jego nagraną piosenką wokalną swan z zespołem.
w 2000 roku zespół wydał Hall of Fame, nowy koncert na żywo z Royal Albert Hall, z równoczesnym wydaniem DVD. Zostało to zaczerpnięte z ostatniej trasy koncertowej, na której zagrał Boshell. Opuścił skład live w 2001 roku; Bliss przejął obowiązki pierwszego keyboardzisty, a jego poprzednią drugą rolę keyboardzisty pełnili Bernie Barlow i Julie Ragins, gdy Barlow przebywał na urlopie macierzyńskim w latach 2006-2009.
w 2001 roku ukazał się film IMAX zatytułowany Journey into Amazing Caves, na którym znalazły się dwie nowe piosenki napisane i wykonane przez The Moody Blues. Na ścieżce dźwiękowej pojawił się również Justin Hayward wykonujący wokale i grający na gitarze. Jedna z tych piosenek, zatytułowana Water, jest pierwszym studyjnym nagraniem instrumentalnym zespołu The Moody Blues od czasu ich utworu Hole in the World z 1983 roku z obecnego LP.

Ray Thomas odchodzi na emeryturę, grudzień 2002
w nowym tysiącleciu zespół The Moody Blues zmniejszył swój harmonogram koncertowy. Pod koniec 2002 roku członek-założyciel Ray Thomas odszedł z grupy, redukując The Moody Blues do trio Justina Haywarda, Johna Lodge 'a i Graeme’ a Edge ’ a, ostatni był jedynym oryginalnym członkiem. Flecistka i gitarzystka rytmiczna Norda Mullen została zatrudniona na początku następnego roku na trasę po Ameryce Północnej i od tego czasu pracuje z zespołem na żywo i w studiu. Pod koniec 2003 roku wydali album zatytułowany December. Piosenki zawierały oryginały i cztery covery: „Happy Xmas (War Is Over)” Johna Lennona, „a Winter ’ s Tale” Mike ’ a Batta, „When a Child is Born” Irvinga Berlina i „White Christmas”. December był pierwszym albumem grupy, który zawierał covery od ich debiutanckiego albumu The Magnificent Moodies z 1965 roku.
W marcu 2006 roku pięć pierwszych albumów zespołu „Core Seven” (siedem albumów z Days of Future Passed to Seventh Sojourn) zostało ponownie wydanych w formacie SACD z edycjami Deluxe, zawierającymi bonusowe piosenki i kilka rzadkich wcześniej niepublikowanych utworów grupy. W kwietniu 2007 roku dwa ostatnie z tych klasycznych albumów zostały ponownie wydane przez Universal / Threshold. Te edycje deluxe były wyjątkowe dla grupy art rockowej, takiej jak The Moodies w tym, że jeden z jej członków, Justin Hayward, był tym, który zajął się pracą, zamiast profesjonalnym mistrzem techniki. Justin Hayward stwierdził, że słuchał virgin vinylowych kopii tych albumów i używał ich jako punktów odniesienia dla nowych płyt kompaktowych. We wrześniu 2008 Justin Hayward ogłosił nadchodzące wydanie zremasterowanych wersji Octave, Long Distance Voyager i The Present, które zostaną wydane przez Universal Records w nadchodzących miesiącach. 21 maja 2007 roku the Moodies wydali czterdzieści jeden utworów, dwupłytową kompilację sesji nagranych w BBC Studios, różne występy telewizyjne i wcześniej „zagubiony” występ w programie Toma Jonesa pt. Live at the BBC: 1967-1970.