Identyfikacja genów plejotropowych i zestawów genów leżących u podstaw wzrostu i odporności: studium przypadku świń Meishan
zarówno wzrost, jak i odporność są ważnymi cechami w hodowli zwierząt. Baza danych ilościowych cech loci zwierząt (QTL) jest cennym zasobem i może być wykorzystana do interpretacji mechanizmów genetycznych leżących u podstaw wzrostu i cech odpornościowych. Jednak odstępy QTL często obejmują zbyt wiele genów kandydujących, aby znaleźć prawdziwe geny przyczynowe. Dlatego celem tego badania było dostarczenie skutecznego potoku adnotacji, który może w pełni wykorzystać informacje o terminach ontologicznych genów adnotacji, blokach genów wiązania i ścieżkach do dalszej identyfikacji genów plejotropowych i zestawów genów w nakładających się odstępach QTL związanych ze wzrostem i odpornością. W sumie zidentyfikowano 55 niewymiarowych interwałów QTL, 1893 genów związanych ze wzrostem i 713 genów związanych z odpornością zostało dalej sklasyfikowanych w nakładających się interwałach I 405 genów plejotropowych dzielonych przez dwa zestawy genów. Ponadto odkryto 19 plejotropowych bloków genowych i 67 szlaków związanych z odpornością i cechami wzrostu. Łącznie zidentyfikowano 343 geny związane ze wzrostem i 144 geny związane z odpornością zaangażowane w szlaki plejotropowe. Zsekwencjonowaliśmy i genotypowaliśmy 284 osoby od chińskich świń Meishan i europejskich świń i zmapowaliśmy polimorfizmy pojedynczego nukleotydu (SNP) do zidentyfikowanych przez nas genów i zestawów genów plejotropowych. Łącznie 971 SNP o wysokim zaufaniu zostało zmapowanych do zidentyfikowanych przez nas genów plejotropowych i zestawów genów, a wśród nich 743 SNP były statystycznie istotne w częstości alleli między Meishan i europejskimi świniami. Badanie to bada związek między wzrostem a cechami odporności z punktu widzenia nakładających się odstępów QTL i może być uogólnione w celu zbadania relacji między innymi cechami.