wojna onin (1467-1477), wywołana przez Spór o sukcesję w Siogunacie Ashikaga, doprowadziła do wyraźnego rozpadu Centralnego Dowództwa i powstania wielu klanów daimyō walczących o dominację. Doprowadziło to do okresu Sengoku, czyli walczących państw.

wielu Sengoku-daimyō było byłymi Shugo-daimyō, którzy wstąpili z szeregów urzędników prowincjonalnych, zastępców lub z lokalnej ziemi posiadającej samurajów. Przez ponad 150 lat wojny pomiędzy wojownikami daimyō, aż do powstania ody Nobunagi i jego planów zjednoczenia, zrealizowanych przez jego zdolnego generała Toyotomi Hideyoshiego, który przywłaszczył sobie władzę ody po śmierci Nobunagi, a w końcu przez Ieyasu Tokugawa. Po śmierci Hideyoshiego Toyotomi w 1598 roku watażkowie zostali podzieleni na dwie wielkie armie, z tymi, którzy wspierali rządzący Klan Toyotomi w siłach Zachodnich i tymi, którzy wspierali potężnego daimyō, Tokugawę Ieyasu w siłach Wschodnich. Najbardziej decydująca bitwa miała miejsce w październiku 1600 roku pod Sekigaharą, a jako zwycięzca Ieyasu Tokugawa przejął rolę sioguna.

w okresie Edo istniały trzy rodzaje daimyō: tozama, Fudai i Shinpan daimyō. Po bitwie pod Sekigaharą w 1600 roku Ieyasu zreorganizował około 200 daimyō i ich domen, opierając się na ich pokrewieństwie z klanem Tokugawa.

Tozama, czyli „zewnętrzny” daimyō byli tymi, którzy nie byli dawnymi sojusznikami lub mieli powody do niepokoju. Rzadko, jeśli w ogóle, oferowano im stanowiska rządowe. Zaaranżowane małżeństwa między rodzinami tozama daimyō i klanu Tokugawa oraz Polityka Sankin Kotai (alternatywna obecność na dworze) trzymały ich pod ścisłą kontrolą.