groei en immuuncapaciteit zijn belangrijke eigenschappen in het fokken van dieren. De database animal quantitative trait loci (QTL) is een waardevolle bron en kan worden gebruikt voor het interpreteren van de genetische mechanismen die ten grondslag liggen aan de groei en immuuneigenschappen. Nochtans, impliceren de QTL intervallen vaak te veel kandidaatgenen om de ware causale genen te vinden. Daarom was het doel van deze studie om een effectieve annotatiepijplijn te bieden die volledig gebruik kan maken van de informatie van genontologie termen annotatie, koppeling genblokken en routes om pleiotrope genen en gensets verder te identificeren in de overlappende intervallen van groei-en immuniteitsgerelateerde QTLs. In totaal werden 55 niet-redundante QTL overlappende intervallen geïdentificeerd, 1893 groei-gerelateerde genen en 713 immuniteits-gerelateerde genen werden verder geclassificeerd in overlappende intervallen en 405 pleiotrope genen gedeeld door de twee gensets werden bepaald. Bovendien werden 19 pleiotrope blokken van de genverbinding en 67 wegen met betrekking tot immuniteit en de groeieigenschappen ontdekt. Een totaal van 343 groei-gerelateerde genen en 144 immuniteit-gerelateerde genen betrokken bij pleiotrope routes werden ook geïdentificeerd, respectievelijk. We sequentieerden en genotypeerden ook 284 individuen van Chinese Meishan varkens en Europese varkens en brachten de single nucleotide polymorphisms (SNP ‘ s) in kaart met de pleiotrope genen en gensets die we identificeerden. Een totaal van 971 SNP ’s met een hoog vertrouwen werden in kaart gebracht aan de pleiotrope genen en genensets die we identificeerden, en onder hen 743 SNP’ s waren statistisch significant in allelfrequentie tussen Meishan en Europese varkens. Deze studie onderzoekt de relatie tussen groei en immuniteit eigenschappen vanuit het oogpunt van QTL overlappende intervallen en kan worden gegeneraliseerd om de relaties tussen andere eigenschappen te verkennen.