homologie ligt aan de basis van vergelijkende studies in de biologie op alle niveaus van genen tot fenotypen. Homologie is gelijkenis vanwege gemeenschappelijke afstamming en afstamming, homoplasie is gelijkenis tot stand gekomen via onafhankelijke evolutie. Echter, gezien het feit dat er slechts één boom van het leven, alle organismen, en dus Alle kenmerken van organismen, delen een zekere mate van relatie en gelijkenis met elkaar. Dat delen kan gelijkenis zijn of zelfs identiteit van structuur en het delen van een meest recente gemeenschappelijke voorouder-zoals in de homologie van de armen van mensen en apen-of het kan een (vaak kleine) mate van gelijkenis weerspiegelen, zoals die tussen de vleugels van insecten en de vleugels van vogels, groepen waarvan de gedeelde voorouder diep in de evolutionaire geschiedenis van de Metazoa ligt. Het kan wijzen op het delen van volledige ontwikkelingswegen, gedeeltelijk delen, of divergente wegen. Dit overzicht vergelijkt kenmerken geclassificeerd als homologe met de klassen van kenmerken normaal gegroepeerd als homoplastisch, de laatste zijn convergentie, parallellisme, omkeringen, rudimenten, overblijfselen, en atavismen. Aan de ene kant kunnen ontwikkelingsmechanismen behouden blijven, zelfs wanneer een volledige structuur zich niet vormt (rudimenten, overblijfselen), of wanneer een structuur alleen in sommige individuen voorkomt (atavismen). Aan de andere kant, kunnen de verschillende ontwikkelingsmechanismen gelijkaardige (homologe) eigenschappen produceren. Gemeenschappelijk onderzoek van de nabijheid van de relatie en de mate van gedeelde ontwikkeling blijkt dat er een continuüm binnen een uitgebreide categorie van homologie, de uitbreiding van de homologie –> terugnemingen –> basiskennis –> overblijfselen –> atavismen –> parallellisme, met de convergentie als de enige klasse van homoplasy, een idee dat blijkt verrassend oud. Deze herschikking verstrekt een glimp van een manier om phylogenetic en ontwikkelingsbenaderingen aan homologie en homoplasie te overbruggen, een brug die een belangrijke pijler voor evolutionaire ontwikkelingsbiologie (evo-devo) zou moeten verstrekken. Het zal niet, en in praktische zin niet, veranderen hoe homoplastische eigenschappen in fylogenetische analyses worden geà dentificeerd. Maar het zien van rudimenten, omkeringen, overblijfselen, atavismen en parallellisme als dichter bij homologie dan bij homoplasie zou ons moeten leiden naar het zoeken naar de gemeenschappelijke elementen die ten grondslag liggen aan de vorming van het fenotype (wat sommigen de diepe homologie van genetische en/of cellulaire mechanismen hebben genoemd), in plaats van het bespreken van kenmerken in termen van gedeelde of onafhankelijke evolutie.