Homologi er grunnlaget for komparative studier i biologi på alle nivåer fra gener til fenotyper. Homologi er likhet på grunn av felles avstamning og herkomst, homoplasy er likhet ankom via uavhengig evolusjon. Men gitt at det bare er ett tre av livet, deler alle organismer, og derfor alle egenskaper av organismer, en viss grad av forhold og likhet med hverandre. At deling kan være likhet eller til og med identitet av struktur og deling av en siste felles forfader-som i homologien til armene til mennesker og aper-eller det kan gjenspeile noen (ofte små) grad av likhet, for eksempel den mellom insektens vinger og fuglens vinger, grupper hvis felles forfader ligger dypt innenfor metazoas evolusjonære historie. Det kan gjenspeile deling av hele utviklingsveier, delvis deling eller divergerende veier. Denne gjennomgangen sammenligner funksjoner klassifisert som homologe med klasser av funksjoner normalt gruppert som homoplastic, sistnevnte er konvergens, parallellitet, reverseringer, rudiments, rester, og atavisms. På den ene siden kan utviklingsmekanismer bli bevart, selv når en komplett struktur ikke dannes (rudiments, vestiges), eller når en struktur bare vises hos enkelte individer (atavismer). På den annen side kan ulike utviklingsmekanismer produsere lignende (homologe) egenskaper. Felles undersøkelse av nærhet av forhold og grad av felles utvikling avslører et kontinuum innenfor en utvidet kategori av homologi, som strekker seg fra homologi –> reverseringer –> rudiments –> vestiges –> atavisms –> parallellisme, med konvergens som den eneste klassen av homoplasi, en ide som viser seg å være overraskende gammel. Denne omstillingen gir et glimt av en måte å bygge bro fylogenetiske og utviklingsmessige tilnærminger til homologi og homoplasi, en bro som skal gi en nøkkelpilar for evolusjonær utviklingsbiologi (evo-devo). Det vil ikke, og i praktisk forstand kan ikke, endre hvordan homoplastiske egenskaper identifiseres i fylogenetiske analyser. Men å se rudiments, reverseringer, rester, atavismer og parallellisme som nærmere homologi enn homoplasi, bør lede oss mot å søke etter de felles elementene som ligger til grunn for dannelsen av fenotypen (hva noen har kalt den dype homologien til genetiske og/eller cellulære mekanismer), i stedet for å diskutere funksjoner i form av felles eller uavhengig evolusjon.