Identifikasjon av pleiotrope gener og gensett underliggende vekst-og immunitetstrekk: en case-studie på Meishan griser
både vekst og immunkapasitet er viktige trekk ved dyreavl. Databasen animal quantitative trait loci (QTL) er en verdifull ressurs og kan brukes til å tolke de genetiske mekanismene som ligger til grunn for vekst og immunegenskaper. QTL-intervaller involverer imidlertid ofte for mange kandidatgener for å finne de sanne årsaksgenene. Derfor, målet med denne studien var å gi en effektiv annotasjon rørledning som kan gjøre full bruk av informasjon Om Genet Ontologi vilkår annotasjon, linkage gen blokker og veier for å ytterligere identifisere pleiotrope gener og gensett i overlappende intervaller på vekst-relaterte Og immunitet-relaterte QTLs. Totalt ble 55 IKKE-redundante qtl-overlappende intervaller identifisert, 1893 vekstrelaterte gener og 713 immunitetsrelaterte gener ble videre klassifisert i overlappende intervaller og 405 pleiotrope gener delt av de to gensettene ble bestemt. I tillegg ble 19 pleiotrope genbindingsblokker og 67 veier relatert til immunitet og vekstegenskaper oppdaget. Totalt 343 vekstrelaterte gener og 144 immunitetsrelaterte gener involvert i pleiotropiske veier ble også identifisert. Vi sekvenserte og genotyperte også 284 individer Fra Kinesiske meishan griser og Europeiske griser og kartlagt single nucleotide polymorphisms (SNPs) til pleiotrope gener og gensett som vi identifiserte. Totalt 971 snper med høy konfidens ble kartlagt til pleiotrope gener og gensett som vi identifiserte, og blant dem var 743 Snper statistisk signifikante i allelfrekvens Mellom Meishan og Europeiske griser. Denne studien undersøker forholdet mellom vekst og immunitet egenskaper fra visningen AV qtl overlappende intervaller og kan generaliseres for å utforske forholdet mellom andre egenskaper.