La civilización zapoteca tuvo sus inicios en el Valle de Oaxaca a finales del siglo VI a.C. Las tres ramas del valle se dividieron entre 3 sociedades de diferentes tamaños, separadas por 80 km2 de» tierra de nadie » en el valle central. La evidencia arqueológica de la época, como templos quemados y cautivos sacrificados, sugiere que las 3 sociedades estaban en algún tipo de competencia. Alrededor del 700-500 a. C., el asentamiento más grande del valle, San José Mogote, y otros asentamientos cercanos en el Valle de Etla (uno de los 3 brazos del Valle de Oaxaca), perdieron la mayor parte de su población. Durante el mismo período, surgió un nuevo gran asentamiento en la «tierra de nadie».»Ese asentamiento, que fue construido en la cima de una montaña que domina los tres brazos del Valle de Oaxaca, fue Monte Albán. Las similitudes entre la alfarería de San José Mogote y a principios de Monte Albán indican que la gente que poblaba Monte Albán era la gente que había dejado San José Mogote. Algunos arqueólogos proponen que este evento es similar al proceso de sinoikismo de la antigua Grecia. El sinoikismo es una centralización de poblaciones dispersas más pequeñas en una ciudad central, a menudo con el fin de hacer frente a una amenaza externa. Aunque no hay evidencia directa de tal amenaza externa en las primeras fases de la historia de Monte Albán, las murallas y fortificaciones construidas alrededor del sitio durante la fase arqueológica de Monte Albán II, sugieren que la construcción de la ciudad pudo haber sido una respuesta a una amenaza militar.

El estado zapoteco formado en Monte Albán comenzó una expansión durante la fase I de Monte Albán y durante la fase II de Monte Albán. Los gobernantes zapotecas comenzaron a tomar el control de las provincias fuera del valle de Oaxaca. Fueron capaces de lograr esto durante Monte Albán I a Monte Albán II porque ninguna de las provincias circundantes podía competir con el valle de Oaxaca, tanto política como militarmente.

Para el año 200 d. C., los zapotecas habían extendido su influencia, desde Quiotepec en el norte hasta Ocelotepec y Chiltepec en el sur. Monte Albán se había convertido en la ciudad más grande del altiplano del sur de México, por lo que permaneció hasta aproximadamente el año 700 d.C.

La expansión del imperio zapoteca alcanzó su punto máximo durante la fase Monte Alban II. Los zapotecas conquistaron o colonizaron asentamientos mucho más allá del Valle de Oaxaca. Esta expansión es visible de varias maneras, lo más importante es el cambio repentino de cerámica que se encuentra en regiones fuera del valle. Estas regiones anteriormente tenían sus propios estilos únicos que de repente fueron reemplazados por cerámica de estilo zapoteca, lo que indica que se habían convertido en parte del imperio zapoteca.

El arqueólogo Alfonso Caso, que fue uno de los primeros en hacer excavaciones en Monte Albán, argumentó que un edificio en la plaza principal de Monte Albán es una evidencia más de la expansión dramática del estado zapoteca. El edificio, que hoy se conoce como edificio J, tiene forma de punta de flecha y muestra más de 40 piedras talladas con escritura jeroglífica. Las piedras han sido interpretadas por los arqueólogos como los topónimos de las provincias que fueron reclamadas por los zapotecas de Monte Albán. Además de los nombres de los lugares, cada grupo de glifos también representa una cabeza con un elaborado tocado tallado en las losas. Se supone que esto ilustra a los gobernantes de las provincias que fueron tomados. Se cree que las piedras que muestran una cabeza invertida fueron tomadas por la fuerza, y las que no están invertidas pueden no haber resistido la colonización y, por lo tanto, no han sido asesinadas. Por esta razón, el edificio J también se llama» La losa de Conquista »