麻酔下での手術と同様に、全身麻酔自体に関連するリスクがあります。 尾骨切除術の追加の可能性のある合併症は、肛門への部位の接近による手術部位の感染であり、患者の糞便からの細菌による汚染をもたらす。 尾骨切除術の24の研究（702人の患者をカバー）の分析は、19の研究（493人の患者をカバー）が手術後の感染率を報告したことを報告したが、他の5つの研究は不完全な情報を与えた。 完全な情報を有する19の研究の患者のうち、感染率は12％であった。 ほとんどの場合、感染は表面的であったが、手術の4％が感染を引き起こし、感染を治療するために繰り返し手術を必要とした。 しかしながら、予防的抗生物質の使用、術前直腸浣腸、二層の創傷の閉鎖および局所皮膚接着剤の使用は、感染率を0％に低下させることが示されている。

尾骨切除術を受けた成人では、まれな合併症の一つは、その後の会陰ヘルニアまたは尾骨ヘルニアである。 これらのヘルニアでは、腸または他の骨盤の内容物は、弱体化した骨盤底を通って骨盤から下方および外側に膨らみます。 この合併症は、赤ちゃんや子供の間に尾骨切除術を受けた人では報告されていません。 ヘルニアの軽度のバージョンは、誰かがちょうど骨盤底の脱出（たるみ）を持っているときです。 これらのヘルニアを修復するために、様々な外科的技術が記載されている。