増殖および免疫形質の基礎となる多面性遺伝子および遺伝子セットの同定:梅山豚のケーススタディ
成長および免疫能力の両方が動物育種において重要な形質である。 動物の定量的形質遺伝子座(QTL)データベースは貴重なリソースであり、成長と免疫形質の根底にある遺伝的メカニズムを解釈するために使用することがで しかし、QTL間隔は、多くの場合、真の原因遺伝子を見つけるにはあまりにも多くの候補遺伝子を含む。 そこで、本研究の目的は、成長関連Qtlと免疫関連Qtlの重複間隔で多面性遺伝子と遺伝子セットをさらに同定するために、遺伝子オントロジー用語注釈、リンケージ遺伝子ブロックおよび経路の情報を最大限に活用することができる効果的なアノテーションパイプラインを提供することであった。 合計で、55の非冗長QTL重複間隔が同定され、1893の成長関連遺伝子と713の免疫関連遺伝子がさらに重複間隔に分類され、405の多面性遺伝子が決定された。 さらに、19pleiotropic遺伝子結合ブロックと免疫と成長形質に関連する67の経路が発見されました。 343成長関連遺伝子とpleiotropic経路に関与する144免疫関連遺伝子の合計も、それぞれ同定されました。 我々はまた、配列決定し、中国の梅山豚とヨーロッパの豚から284個体を遺伝子型化し、我々が同定した多面遺伝子と遺伝子セットに一塩基多型(Snp)をマッピングし 971高信頼性Snpの合計は、我々が同定した多面性遺伝子と遺伝子セットにマッピングされ、その中で743SnpはMeishanとヨーロッパの豚の間の対立遺伝子の頻度で統計的に有意であった。 本研究では、QTL重複間隔の観点から成長と免疫形質との関係を探求し、他の形質間の関係を探索するために一般化することができます。