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Tutte le terapie con cellule staminali devono essere fabbricati secondo le Buone Pratiche di Fabbricazione (Gmp). La differenza primaria tra allogenico e autologo sono la fonte delle cellule per la terapia. Le terapie allogeniche sono prodotte in grandi lotti da tessuti donatori non correlati (come il midollo osseo) mentre le terapie autologhe sono prodotte come un singolo lotto dal paziente trattato. Per alcune terapie autologhe, le cellule del paziente vengono elaborate in loco presso la clinica o l’ospedale. Queste terapie non sono regolamentate come prodotto biologico e non sono prodotte sotto GMP, ma piuttosto i dispositivi utilizzati sono regolamentati.

Mentre entrambe le terapie utilizzano tecnologie simili comuni alla crescita delle cellule, la scala è diversa. Le terapie allogeniche sono “off the shelf”, usate per trattare molti pazienti (a volte migliaia) e più tempo è disponibile per controllare la qualità del prodotto prima della somministrazione. Le terapie autologhe sono prodotti “personalizzati” per ogni paziente e la catena di identità dei campioni del paziente è fondamentale per assicurare che il prodotto giusto venga restituito al paziente. La scalabilità della produzione per le cellule allogeniche è simile alle tecniche utilizzate per produrre farmaci proteici e altri materiali derivati dalle cellule su larga scala mentre le cellule autologhe richiedono la scalabilità, la produzione di molti singoli prodotti allo stesso tempo.