Sia la crescita che la capacità immunitaria sono tratti importanti nell’allevamento degli animali. Il database QTL (Animal Quantitative trait loci) è una risorsa preziosa e può essere utilizzato per interpretare i meccanismi genetici alla base della crescita e dei tratti immunitari. Tuttavia, gli intervalli QTL spesso coinvolgono troppi geni candidati per trovare i veri geni causali. Pertanto, lo scopo di questo studio era quello di fornire una pipeline di annotazione efficace in grado di sfruttare appieno le informazioni dei termini di ontologia genica annotazione, blocchi genici di collegamento e percorsi per identificare ulteriormente i geni pleiotropici e gli insiemi genici negli intervalli sovrapposti di QTL correlati alla crescita e all’immunità. In totale, sono stati identificati 55 intervalli sovrapposti QTL non ridondanti, 1893 geni correlati alla crescita e 713 geni correlati all’immunità sono stati ulteriormente classificati in intervalli sovrapposti e sono stati determinati 405 geni pleiotropici condivisi dai due set di geni. Inoltre, sono stati scoperti 19 blocchi di legame genico pleiotropico e 67 percorsi relativi all’immunità e ai tratti di crescita. Sono stati inoltre identificati, rispettivamente, un totale di 343 geni correlati alla crescita e 144 geni correlati all’immunità coinvolti nelle vie pleiotropiche. Abbiamo anche sequenziato e genotipizzato 284 individui di maiali cinesi Meishan e maiali europei e mappato i polimorfismi a singolo nucleotide (SNPS) ai geni pleiotropici e ai set di geni che abbiamo identificato. Un totale di 971 SNP ad alta fiducia sono stati mappati ai geni pleiotropici e agli insiemi di geni che abbiamo identificato, e tra questi 743 SNP erano statisticamente significativi nella frequenza degli alleli tra Meishan e maiali europei. Questo studio esplora la relazione tra i tratti di crescita e immunità dalla vista degli intervalli di sovrapposizione QTL e può essere generalizzato per esplorare le relazioni tra altri tratti.