Come per qualsiasi operazione in anestesia, vi sono rischi associati all’anestesia generale stessa. Un’ulteriore possibile complicazione della coccigectomia è l’infezione nel sito chirurgico, a causa della vicinanza del sito all’ano, che porta alla contaminazione da batteri dalle feci del paziente. Un’analisi di 24 studi di coccigectomia (su 702 pazienti) ha riferito che 19 studi (su 493 pazienti) hanno riportato il tasso di infezione post-intervento chirurgico, mentre gli altri cinque studi hanno fornito informazioni incomplete. Tra i pazienti nei 19 studi con informazioni complete, il tasso di infezione era del 12%. Nella maggior parte dei casi l’infezione era superficiale, ma il 4% delle operazioni ha causato un’infezione che ha richiesto un intervento chirurgico ripetuto per trattare l’infezione. Tuttavia, l’uso di antibiotici profilattici, clistere rettale preoperatorio, chiusura della ferita in due strati e l’uso di un adesivo cutaneo topico hanno dimostrato di ridurre il tasso di infezione allo 0%.

Negli adulti sottoposti a coccigectomia, una rara complicazione è una successiva ernia perineale o ernia coccigea. In queste ernie, intestino o altri contenuti pelvici rigonfiamento verso il basso e fuori del bacino attraverso un pavimento pelvico indebolito. Questa complicanza non è stata riportata in persone sottoposte a coccigectomia durante un bambino o un bambino. Una versione più lieve dell’ernia è quando qualcuno ha solo prolasso (cedimento) del pavimento pelvico. Per riparare queste ernie, sono state descritte varie tecniche chirurgiche.