Tanto el crecimiento como la capacidad inmune son rasgos importantes en la cría de animales. La base de datos de loci de rasgos cuantitativos animales (QTL) es un recurso valioso y se puede utilizar para interpretar los mecanismos genéticos que subyacen al crecimiento y a los rasgos inmunitarios. Sin embargo, los intervalos QTL a menudo involucran demasiados genes candidatos para encontrar los genes causales verdaderos. Por lo tanto, el objetivo de este estudio fue proporcionar una canalización de anotación efectiva que pueda hacer un uso completo de la información de los términos de ontología de genes anotación, bloques de genes de enlace y vías para identificar aún más genes pleiotrópicos y conjuntos de genes en los intervalos superpuestos de QTL relacionados con el crecimiento y relacionados con la inmunidad. En total, se identificaron 55 intervalos superpuestos QTL no redundantes, 1893 genes relacionados con el crecimiento y 713 genes relacionados con la inmunidad se clasificaron en intervalos superpuestos y se determinaron 405 genes pleiotrópicos compartidos por los dos conjuntos de genes. Además, se descubrieron 19 bloqueos de enlace génico pleiotrópico y 67 vías relacionadas con la inmunidad y los rasgos de crecimiento. También se identificaron un total de 343 genes relacionados con el crecimiento y 144 genes relacionados con la inmunidad involucrados en vías pleiotrópicas, respectivamente. También secuenciamos y genotipamos 284 individuos de cerdos Meishan chinos y cerdos europeos y mapeamos los polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) a los genes pleiotrópicos y conjuntos de genes que identificamos. Se mapearon un total de 971 SNP de alta confianza a los genes pleiotrópicos y conjuntos de genes que identificamos, y entre ellos, 743 SNP fueron estadísticamente significativos en la frecuencia de alelos entre Meishan y cerdos europeos. Este estudio explora la relación entre los rasgos de crecimiento e inmunidad desde la vista de los intervalos de superposición de QTL y puede generalizarse para explorar las relaciones entre otros rasgos.