az intézményben végzett munka során Freeman először látta a mentálisan beteg betegek által elszenvedett fájdalmat és szorongást, ami arra ösztönözte őt, hogy folytassa tanulmányait a területen. A következő években neuropatológiai doktorátust szerzett, majd a George Washington Egyetemen szerzett neurológia tanszékvezetői állást.

a mentális betegségek pusztító hatásai hatására Freeman oxigénterápiát kezdett alkalmazni, és kémiai kezelésekkel kísérletezett a betegek számára.

1935-ben Freeman megtanulta a frontális lebeny ablációs technikáját, amelyet csimpánzokon használtak temperamentumuk elnyomásának hatásaival.

ugyanebben az évben Portugáliában egy új, mentális betegség kezelésére szolgáló eljárást hajtottak végre Egas Moniz neurológus és orvos irányítása alatt, úgynevezett “leucotomiát”, amely kis kötéseket vett ki a frontális lebenyekből.

Freeman módosította az eljárást, átnevezve “lobotómiának”.”Úgy vélte, hogy a túlzott érzelmek mentális betegséghez vezettek, és hogy az agy bizonyos idegeinek megszakítása stabilizálhatja az ember személyiségét.

James Watts idegsebész segítségével Freeman elvégezte az első prefrontális lobotómiás műtétet az Egyesült Államokban egy 63 éves nőn, aki álmatlanságban és izgatott depresszióban szenvedett. A műtét során hat lyukat fúrtak a páciens koponyájának tetejére, majd amikor elkészült, “átalakult”, és további öt évig élt.

Freeman és Watts számos lobotómiát végzett magánpraxisában Washingtonban.

hamarosan hatékonyabb módszert fejlesztett ki az eljárás végrehajtására anélkül, hogy egy személy fejébe fúrna. Ez magában foglalja a páciens eszméletlenségét elektrosokk segítségével, mielőtt éles jégszedőszerű műszert helyezne a beteg szemgolyója fölé. A műszert a koponyába ütötték és oda-vissza mozgatták, hogy elvágják az agy elülső lebenyeiben lévő prefrontális kéreghez való csatlakozást. Négy órával később a beteg szorongás vagy aggodalom nélkül ébredt fel.

a valóságban az eljárás eredményeként sok beteg vegetatív állapotban maradt, vagy gyermekszerű viselkedésre csökkentette őket. Hiányosságai ellenére sok kórház más nyilvánvaló ok nélkül fogadta el az eljárást, mint az a tény, hogy a lobotomizált betegek könnyebben kezelhetők, mint az érzelmileg töltöttek.

Freeman elkezdte bejárni a megyét elmegyógyintézetekbe, és terjesztette a lobotómia használatát a kiképző személyzet által a művelet végrehajtásához. Annak ellenére, hogy sok kritika felé ellentmondásos eljárás, szerzett népszerűsége révén nagy kiadványok szerte az országban üdvözölve a lobotomia, mint egy “csoda” műtét.

1949-re évente 5000 lobotómiát végeztek, az 1945-ös mindössze 150-ről.

maga Freeman végül több mint 2900 beteget, köztük 19 18 évesnél fiatalabb gyermeket lobotomizálna. Túlbuzgó lett, egy nap alatt több mint 20 lobotómiát fejezett be sebész használata nélkül.

maga a showman szerette sokkolni közönségét úgy, hogy egyszerre két csákányt helyez be minden szemgödörbe. Még azt is megengedte a médiának, hogy nézze meg a lobotómiát, amely halállal végződött, amikor az éles eszköz becsúszott a beteg agyába. Freeman közömbösen reagált a beteg halálára,és tovább folytatta a következő műtétet.

becslések szerint összesen 490 személy halt meg lobotómia következtében.

a túlélők számára néhányan észrevehető különbségek nélkül maradtak, de mások életre nyomorultak, vagy tartós vegetatív állapotban éltek.

Freeman egyik legjelentősebb betege John F. Kennedy nővére volt, aki enyhe tanulási nehézségekkel született. 1941-ben lobotómiát kapott apja beleegyezésével, de kudarcba fulladt. Az eljárás során cselekvőképtelenné vált, élete hátralévő részét különböző intézményekben töltötte.

hosszú távú tanulmányok a lobotómia hatásairól azonban végül felszínre kerültek, és az eljárás számos támogatója elkezdett lemondani róla. Freeman 1967-ben végezte el Utolsó lobotómiáját, miután az eljárás során elvágta a beteg véredényét, ami három nappal később halálát eredményezte.