Karachi adminisztrációjának története 1846-ban kezdődik, amikor kolerajárvány fenyegette a város 9000 polgárát. A fertőző betegség leküzdésére irányuló erőfeszítéseket egy Konzervatórium koordinálta. 1852-ben városi bizottság lett, 1853-ban pedig városi bizottság lett. 1878-ban a város felhatalmazást kapott helyi szintű adók beszedésére.

1933-ban kihirdették a Karacsi városi törvényt, az önkormányzati bizottság pedig többnemzetiségű, 57 tagú önkormányzati társaság lett, amelynek elnöke és alelnöke volt a volt polgármester és alpolgármester. Az első elnök Jamshed Naserwanji volt, aki korábban húsz éve szolgált polgármesterként.

A függetlenség után 1947-ben Karacsi lett az újonnan független Pakisztáni állam fővárosa, Hakim Ehsan polgármester pedig a Karacsi Nemzetközi Repülőtéren fogadta Muhammad Ali Jinnah főkormányzót. 1948-ban a város határait az új szövetségi főváros területén rögzítették, amely 2,103 km2-t fedezett le, de több kisvárost és falut is tartalmazott, Karachitól elkülönítve.

az 1961-1970 közötti időszakban az egykori szövetségi főváros területét egyesítették a szomszédos Las Bela állammal, hogy létrehozzák Nyugat-Pakisztán Karacsi-Bela körzetét. Az 1970-es években ezt az egyesülést megfordították, és Karacsi saját jogon lett divízió, amely 3,528 km2-t tett ki.

a Karacsi városi társaságot 1976-ban nagyvárosi társasággá fejlesztették, majd az 1987-1994 között működő zónai önkormányzati bizottságok követték. A kormányzati rendszer 1996-ban ismét megváltozott, amikor Karachi felosztását öt kerületre osztották, mindegyik saját önkormányzati társasággal.

1999-ben Pervez Musharraf elnök elkötelezte magát az ország teljes közigazgatási struktúrájának átalakítása mellett. 2000-ben a teljes harmadik kormányzati szintet (közigazgatási körzeteket) eltörölték a negyedik szint (kerületek) javára. Karacsiban, a szétválás Karacsi, valamint az öt kerületre volt egyesített formájában egy új Város-Kerületi ami volt felosztva, 2001 augusztusában a tizennyolc autonóm város, amely 178 helyi unió tanácsok.

a városrendszert 2011-ben megszüntették, a Karacsi fejlesztési hatóságot pedig nem helyi, hanem tartományi szinten működtetik.