Ez a tanulmány leírja az új mikrobiológiai veszélyeket az élelmiszerekben. Az emberi egészség védelme érdekében manapság az élelmiszerbiztonsági hatóságoknak számos kihívással kell szembenézniük, amelyek évekkel ezelőtt nagyrészt hallhatatlanok voltak. 2011-ben verocytotoxigén Escherichia coli O104:H4-et izoláltak Németországban. A törzs görögszéna hajtásokból származott Egyiptomból. Olyan egyedi jellemzők jellemezték, mint az enteroaggregatív Escherichia coli gének (aatA, aggR, aap, aggA, aggC) jelenléte, valamint a legtöbb antibiotikummal szembeni rezisztencia. Lengyelországban csak három O104: H4 törzs okozta megbetegedést jelentettek. Egy másik megjelenési kórokozó Lengyelországban a Yersinia enterocolitica 08, 1b biotípus. ez a leginkább patogén bioserotípus, amelyet a közelmúltban csak az USA-ban izoláltak. Az élelmiszerek általában nyers vagy alulfőzött sertéshúshoz kapcsolódnak. A Yersinia spp.forrása lehet tej és víz is. A botulinum neurotoxinok jelenléte az élelmiszerekben nem új, de még mindig fontos kérdés az emberre gyakorolt nagy toxicitásuk miatt. A Botulinum neurotoxinok a Clostridium botulinum és a Clostridium butyricum és a Clostridium baratii egyes törzsei által termelt nagy molekulatömegű termolabil fehérjék. Antigén tulajdonságaik alapján a botulin neurotoxinok hét a-G típusra oszlanak, azonban csak az A, B, E és F típusok mérgezőek az emberekre és egyes állatokra. Az élelmiszerekkel kapcsolatos növekvő kockázat az antimikrobiális rezisztencia eredménye pl. kiterjesztett spektrumú béta-laktamázok (ESBLs), amelyek baktériumokat, különösen Enterobacteriaceae-t termelnek. A közelmúltig az ESBL+ törzseket kórházakban izolálták, az elmúlt években azonban egészséges emberektől, állatoktól és állati eredetű élelmiszerektől izolálták őket. Az élelmiszerekben egyre gyakoribb mikrobiológiai veszély a meticillin-rezisztens Staphylococcus aureus (MRSA). Bár a kórokozó előfordulása az élelmiszerekben nem magas, a szál az MRSA által okozott fertőzések kezelésének nehézségeiből származik. A táplálékban lévő emberek előfordulása összefügghet a vírusok élelmiszerekben és vízben való jelenlétével is. A vírusok hordozója lehet élelmiszeripari berendezés, gyártósor, csomagolás és ember. A legtöbb élelmiszert norovírusok, rotavírusok, hepatitis A vírus és hepatitis E vírus okozza. Az élelmiszerrel fertőzött vírusos megbetegedések számának növekedését több országban regisztrálták. Ennek okai közé tartozik a továbbfejlesztett diagnosztikai módszerek, amelyek fokozták egyes víruscsoportok kimutatását, valamint a friss és fagyasztott élelmiszerek fokozott forgalmazása, ami a magas kockázatú élelmiszerek világméretű rendelkezésre állásához vezetett. A vírusok szennyezhetik az élelmiszereket akár a forrás szennyezése révén, elsősorban a környezet szennyvizének szennyezése révén, akár az élelmiszerekkel együtt