Cet article décrit les nouveaux dangers microbiologiques dans les aliments. Pour protéger la santé humaine, les autorités de sécurité alimentaire sont aujourd’hui confrontées à de nombreux défis qui, il y a des années, étaient largement inconnus. En 2011, des Escherichia coli O104:H4 vérocytotoxigènes ont été isolés en Allemagne. La souche provenait de germes de fenugrec originaires d’Égypte. Il était caractérisé par des caractéristiques uniques telles que la présence de gènes entéroagrégatifs d’Escherichia coli (aatA, aggR, aap, aggA, aggC) et la résistance à la plupart des antibiotiques. En Pologne, seuls trois cas de maladie causés par la souche O104:H4 ont été rapportés. Un autre agent pathogène d’émergence en Pologne est Yersinia enterocolitica 08, biotype 1B. C’est le biosérotype le plus pathogène récemment isolé aux États-Unis seulement. Le porc d’origine alimentaire est généralement associé au porc cru ou insuffisamment cuit. La source de Yersinia spp. peut être aussi du lait et de l’eau. La présence de neurotoxines botuliques dans les aliments n’est pas nouvelle, mais reste un problème important en raison de leur toxicité élevée pour l’homme. Les neurotoxines botuliniques sont des protéines thermolabiles de haut poids moléculaire produites par Clostridium botulinum et certaines souches de Clostridium butyricum et Clostridium baratii. Sur la base de leurs propriétés antigéniques, les neurotoxines de la botuline sont divisées en sept types A-G, mais seuls les types A, B, E et F sont toxiques pour l’homme et certains animaux. L’augmentation du risque associé aux aliments résulte de la résistance aux antimicrobiens, par exemple. bêta-lactamases à spectre étendu (ESBL) produisant des bactéries, en particulier des entérobactéries. Jusqu’à récemment, les souches ESBL + étaient isolées dans les hôpitaux, mais au cours des dernières années, elles ont été isolées d’humains, d’animaux et d’aliments d’origine animale en bonne santé. Le risque microbiologique de plus en plus courant dans les aliments est le Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM). Bien que la prévalence de cet agent pathogène dans les aliments ne soit pas élevée, le fil vient des difficultés de traitement des infections causées par le SARM. La présence de virus d’origine alimentaire chez l’homme peut également être associée à la présence de virus dans les aliments et l’eau. Le porteur de virus peut être un équipement dans l’usine alimentaire, la chaîne de production, l’emballage et l’homme. La plupart des infections d’origine alimentaire sont causées par les norovirus, les rotavirus, le virus de l’hépatite A et le virus de l’hépatite E. Un nombre accru de foyers viraux d’origine alimentaire est enregistré dans plusieurs pays. Les raisons en sont les méthodes de diagnostic améliorées qui ont amélioré la détection de certains groupes de virus et la commercialisation accrue d’aliments frais et surgelés qui a conduit à une disponibilité mondiale d’aliments à haut risque. Les virus peuvent contaminer les aliments soit par contamination à la source, principalement par pollution des eaux usées de l’environnement, soit en association avec les aliments