Comme pour toute opération sous anesthésie, il existe des risques associés à l’anesthésie générale elle-même. Une complication supplémentaire possible de la coccygectomie est une infection au site chirurgical, en raison de la proximité du site avec l’anus, entraînant une contamination par des bactéries provenant des fèces du patient. Une analyse de 24 études sur la coccygectomie (portant sur 702 patients) a rapporté que 19 études (portant sur 493 patients) ont rapporté le taux d’infection post-opératoire, tandis que les cinq autres études ont fourni des informations incomplètes. Parmi les patients des 19 études avec des informations complètes, le taux d’infection était de 12%. Dans la plupart des cas, l’infection était superficielle, mais 4% des opérations ont provoqué une infection qui a nécessité une intervention chirurgicale répétée pour traiter l’infection. Cependant, il a été démontré que l’utilisation d’antibiotiques prophylactiques, un lavement rectal préopératoire, la fermeture de la plaie en deux couches et l’utilisation d’un adhésif cutané topique réduisaient le taux d’infection à 0%.

Chez les adultes qui subissent une coccygectomie, une complication rare est une hernie périnéale ultérieure ou une hernie coccygienne. Dans ces hernies, l’intestin ou tout autre contenu pelvien se gonfle vers le bas et hors du bassin à travers un plancher pelvien affaibli. Cette complication n’a pas été rapportée chez les personnes ayant subi une coccygectomie alors qu’elles étaient bébés ou enfants. Une version plus douce de la hernie est quand quelqu’un a juste un prolapsus (affaissement) du plancher pelvien. Pour réparer ces hernies, diverses techniques chirurgicales ont été décrites.