La croissance et la capacité immunitaire sont des traits importants en élevage. La base de données des loci de caractères quantitatifs animaux (QTL) est une ressource précieuse et peut être utilisée pour interpréter les mécanismes génétiques qui sous-tendent la croissance et les traits immunitaires. Cependant, les intervalles QTL impliquent souvent trop de gènes candidats pour trouver les véritables gènes causaux. Par conséquent, l’objectif de cette étude était de fournir un pipeline d’annotation efficace qui puisse utiliser pleinement les informations de l’annotation des termes de l’ontologie des gènes, des blocs de gènes de liaison et des voies pour identifier davantage les gènes pléiotropes et les ensembles de gènes dans les intervalles de chevauchement des QTL liés à la croissance et à l’immunité. Au total, 55 intervalles de chevauchement QTL non redondants ont été identifiés, 1893 gènes liés à la croissance et 713 gènes liés à l’immunité ont été classés en intervalles de chevauchement et 405 gènes pléiotropes partagés par les deux ensembles de gènes ont été déterminés. De plus, 19 blocs de liaison de gènes pléiotropes et 67 voies liées à l’immunité et aux traits de croissance ont été découverts. Un total de 343 gènes liés à la croissance et de 144 gènes liés à l’immunité impliqués dans les voies pléiotropes ont également été identifiés, respectivement. Nous avons également séquencé et génotypé 284 individus de porcs chinois de Meishan et de porcs européens et cartographié les polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) aux gènes et ensembles de gènes pléiotropes que nous avons identifiés. Un total de 971 SNP à haute confiance ont été cartographiés avec les gènes pléiotropes et les ensembles de gènes que nous avons identifiés, et parmi eux 743 SNP étaient statistiquement significatifs dans la fréquence des allèles entre les porcs Meishan et européens. Cette étude explore la relation entre les traits de croissance et d’immunité du point de vue des intervalles de chevauchement de QTL et peut être généralisée pour explorer les relations entre d’autres traits.