tässä asiakirjassa kuvataan elintarvikkeiden uusia mikrobiologisia vaaroja. Ihmisten terveyden suojelemiseksi elintarviketurvallisuusviranomaisilla on nykyään edessään monia haasteita, jotka olivat vuosia sitten suurelta osin ennenkuulumattomia. Verosytotoksigeeninen Escherichia coli O104:H4 on eristetty Saksassa vuonna 2011. Kanta tuli sarviapilan ituja peräisin Egyptistä. Sille oli ominaista ainutlaatuiset piirteet, kuten enteroaggregatiivisten Escherichia coli-geenien (aatA, aggR, aap, aggA, aggC) esiintyminen ja vastustuskyky useimmille antibiooteille. Puolassa on raportoitu vain kolme O104:H4-kannan aiheuttamaa tautitapausta. Toinen emergenssipatogeeni Puolassa on Yersinia enterocolitica 08, biotyyppi 1B. se on patogeenisin bioserotyyppi, joka on äskettäin eristetty vain Yhdysvalloissa. Ruokaisa yhdistetään yleisesti raakaan tai alikypsennettyyn sianlihaan. Yersinia spp.: n lähde voi olla myös maitoa ja vettä. Botulinum-neurotoksiinien esiintyminen elintarvikkeissa ei ole uutta, mutta silti tärkeä asia, koska ne ovat erittäin myrkyllisiä ihmiselle. Botuliinineurotoksiinit ovat Clostridium botulinumin ja eräiden Clostridium butyricum-ja Clostridium baratii-kantojen tuottamia suurimolekyylisiä termolabiiliproteiineja. Antigeenisten ominaisuuksiensa perusteella botuliinineurotoksiinit jaetaan seitsemään tyyppiin A-G, mutta vain tyypit A, B, E ja F ovat myrkyllisiä ihmisille ja joillekin eläimille. Elintarvikkeisiin liittyvän riskin kasvu johtuu mikrobilääkeresistenssistä esim. laajakirjoisia beetalaktamaaseja (ESBLs), jotka tuottavat bakteereja, erityisesti enterobakteereja. Viime aikoihin asti ESBL+ – kantoja eristettiin sairaaloissa, mutta viime vuosina niitä on eristetty terveistä ihmisistä, eläimistä ja eläinperäisistä elintarvikkeista. Yhä yleisempi mikrobiologinen vaara elintarvikkeissa on metisilliinille resistentti Staphylococcus aureus (MRSA). Vaikka tämän taudinaiheuttajan esiintyvyys elintarvikkeissa ei ole korkea, Lanka tulee vaikeuksista hoitaa MRSA: n aiheuttamia infektioita. Elintarvikkeiden välityksellä tarttuvien virusten esiintyminen ihmisillä voi liittyä myös virusten esiintymiseen elintarvikkeissa ja vedessä. Virusten kantaja voi olla elintarvikelaitoksen, tuotantolinjan, pakkauksen ja ihmisen laitteet. Eniten ravinnon mukana kulkeutuvia ovat norovirukset, rotavirukset, hepatiitti A-virus ja hepatiitti E-virus. Useissa maissa on todettu yhä enemmän elintarvikkeiden välityksellä leviäviä virusepidemioita. Syitä tähän ovat parantuneet diagnostiset menetelmät, jotka ovat parantaneet joidenkin virusryhmien havaitsemista, sekä tuoreiden ja pakastettujen elintarvikkeiden lisääntynyt markkinointi, joka on johtanut riskialttiiden elintarvikkeiden maailmanlaajuiseen saatavuuteen. Virukset voivat saastuttaa elintarvikkeen joko saastuttamalla sen lähteellä, pääasiassa ympäristön jäteveden saastuttamana, tai yhdessä elintarvikkeen kanssa