jyrkkä vastakohta darwinilaiselle evoluutioteorialle luonnonvalinnasta, neutraali teoria väittää, että suurin osa evoluutiomuutoksista molekyylitasolla johtuu selektiivisten neutraalien (eli selektiivisesti vastaavien) mutanttien satunnaisesta kiinnittymisestä (johtuen satunnaisotannan kulkeutumisesta äärellisissä populaatioissa) jatkuvien mutaatioiden vaikutuksesta. Teorian mukaan suurin osa lajien sisällä molekyylitasolla esiintyvästä geneettisestä vaihtelusta (kuten proteiinin ja DNA: n polymorfismi) on selektiivisesti neutraalia tai hyvin lähes neutraalia, ja ne säilyvät lajissa mutaatiosyöpymisen ja satunnaisen sukupuuton välisen tasapainon ansiosta. Neutraali teoria perustuu yksinkertaisiin oletuksiin, joiden avulla voimme kehittää populaatiogenetiikkaan perustuvia matemaattisia teorioita molekyylievoluution ja kvantitatiivisen vaihtelun käsittelemiseksi. Teoriaa voidaan testata todellisia havaintoja vastaan. Uusdarvinolaiset arvostelevat edelleen neutraalia teoriaa, mutta todisteita sille on kertynyt viimeisen kahden vuosikymmenen aikana. Viimeaikainen DNA-sekvenssitietojen vuodatus on vahvistanut teoriaa suuresti. Tässä asiakirjassa tarkastelen joitakin viimeaikaisia havaintoja, jotka tukevat voimakkaasti neutraalia teoriaa. Niitä ovat esimerkiksi hiiren pseudoglobiinigeenit, sokean myyrärotan alfa-a-kristalliinigeenit, influenssa A-viruksen geenit ja hedelmäkärpästen ydin-vs. mitokondrio-geenit. Käsittelen myös mm.mykoplasman poikkeavien koodausjärjestelmien evoluutiota, elämän alkuperää sekä molekyyli-ja fenotyyppisen evoluution yhtenäistä ymmärtämistä. Päättelen, että siitä lähtien, kun elämä alkoi maan päällä, neutraalit evolutionaariset muutokset ovat olleet darwinististen evolutionaaristen muutosten yläpuolella, ainakin lukumääräisesti.