The Moody Blues esiintyi livenä Birmingham Heart Beat-hyväntekeväisyyskonsertissa 1986, jolla kerättiin rahaa Birminghamin Lastensairaalalle. Yhtye soitti neljä kappaletta ja antoi myöhemmin taustatukea George Harrisonin Electric Light Orchestran kanssa.
The Moodies jatkoi varhaista videosukupolven menestystään Sur La merillä (1988) ja sen videolla ja singlellä ”I Know You’ re Out There Somewhere” (No. 30 US, No. 52 UK, No. 2 US Mainstream Rock), joka on jatko-osa ”your Wildest Dreamsille”. Heidän soundinsa sai yhä enemmän synteettistä ja teknistä laatua, kun Moraz ja Visconti alkoivat käyttää nykyaikaisia sekvenssereitä, samplereita ja rumpukoneita. Tänä aikana Justin Hayward ja John Lodge kirjoittivat ja lauloivat suurimman osan kappaleista, kun yhtye joutui uuden levy-yhtiönsä PolyGram Recordsin painostuksen kohteeksi markkinoidakseen niitä, joita se piti kahtena kaupallisempana ja kuulostavampana jäsenenään. Ray Thomasin rooli studiossa oli pienentynyt. Yhtye oli kehittymässä synthpop act, jossa musiikki ei lainkaan sovi huilu (vaikka Ray Thomas itse tarjosi ylimääräisiä lyömäsoittimet, erityisesti reipas tamburiini, monia Moodies kappaleita, jotka edelleen esillä, sekä satunnaisesti huuliharppu), ja tässä vaiheessa hän oli suurelta osin taantunut aseman taustalaulaja. Ray Thomas oli myös huonovointinen tänä aikana, mikä rajoitti entisestään hänen osallistumistaan yhtyeeseen levytysstudiossa. Hän toimi taustalaulajana sekä The Other Side of Life-että Sur La Mer-yhtyeissä; kuitenkin monet tuotannolliset näkökohdat johtivat siihen, että Visconti jätti Ray Thomasin lauluosuudet pois jälkimmäiseltä näistä kahdesta albumista, mikä vähensi entisestään heidän lauluäänensä rakennetta, joka oli ollut rikas neliosainen harmoniaääni, sitten supistui kolmeen, nyt pieneni vielä enemmän Justin Haywardin ja John Lodgen samannäköisiin ääniin (John Lodge tarjoaa myös falsettilaulua ja korkeita harmonioita), Mike Pinderin ja Ray Thomasin toimittaessa sekä matalammat että korkeammat lauluharmoniat yhtyeen aiemmassa lauluäänessä. Yhtyeen lauluäänestä oli tullut juuri Justin Hayward-John Lodgen sekoitus, joka oli edelleen tunnistettavissa, joskin vähemmän kuvioitu kuin alkuperäinen neliosainen, monimutkaisempi ”kuorosoundi”.

1990-luvun esittämään
Patrick Morazin Lähtö
Ray Thomasin suuri arvo säilyi lavalla lähinnä hänen jatkuvasta kyvystään laulaa 1960-ja 1970-luvun Moodies-klassikkojaan, sekä myös Morazin kanssa säveltämissään huilu-ja kosketinsoitinduetoissa, joita kaksikko esitti vain Moodien konserteissa. Yhtye oli alkanut vahvistaa konserttisoundiaan vuonna 1986 lisäämällä toisen kosketinsoittajan (Bias Boshell oli ensimmäinen, jonka korvasi vuonna 1987 Guy Allison ennen Boshellin paluuta vuoteen 1990 mennessä) sekä naispuolisia taustalaulajia.
vuonna 1991, uuden studioalbuminsa tuotannon puolivälissä, Patrick Moraz esitti Keyboard Magazinen artikkelissa joitakin kommentteja, jotka viittasivat tyytymättömyyteen hänen rooliinsa The Moodies-yhtyeessä. Hänen valituksensa vaihtelivat the Moodies ’ musiikki tulossa liian yksinkertainen rakenne, muiden jäsenten haluttomuus sallia hänen tehdä merkittäviä osuuksia laulunkirjoittamista albumeilla. Hän myös suunnitteli pitkään musiikkikonserttia kotimaansa Sveitsin 700-vuotisjuhlan kunniaksi sen sijaan, että olisi harjoitellut moodien kanssa. Hänet irtisanottiin jatkosta ryhmässä ennen projektin valmistumista. Boshell ja uusi kosketinsoittaja Paul Bliss tuotiin viimeistelemään uuden albumin kosketinkappaleet. Huolimatta krediittien ”virallinen bändin jäsen” on sisällytetty mitään ryhmän kuvia neljä ’ 80-luvun studioalbumit ”Long Distance Voyager” ja ”Sur La Mer” viime vuosina Moodies kokoelmat viittaavat nyt Moraz vain on ”ylimääräinen kosketinsoittaja” Moraz myöhemmin nosti kanteen ryhmää vastaan Yhdysvalloissa, jonka hän voitti, mutta sai sitten vain $90.000 takaisin palkka johtuen kirjanpidon hidastuminen sijaan $4.000.000 hän pyysi.

Keys of the Kingdom
Keys of the Kingdom (1991) oli vaatimaton kaupallinen menestys. Justin Haywardin Laulut johtivat jälleen albumilta, ja uusina singleinä julkaistiin ”Say it With Love”ja” Bless the Wings (That Bring You Back)”. Mukana oli myös Ray Thomasin Uusi ambient-huilukappale ” Celtic Sonant.”Justin Hayward ja Ray Thomas kirjoittivat myös yhdessä kappaleen ”Never Blame the Rainbows for the Rain” albumin lopettamiseksi. John Lodge tekisi määrittävän muutoksen hänen laulunkirjoituksensa tällä albumilla, jättäen tavaramerkikseen korkean energian rockmusiikin, ja sen sijaan suuntautuu kohti hitaita rakkausballadeja kuten ” Lean On Me (Tonight)” (vaikka hän oli aiemmin osallistunut joitakin kappaleita tässä lempeämpi vein kuten ”Emily Song” tyttärelleen vuonna 1971 ja ”Survival” vuonna 1978, plus ”Talking out of Turn” vuonna 1981), kun taas John Lodge voimakkaampia kappaleita jatkoi ”Magic” ja Lennonesque ”Shadows on the Wall”. Tämä lempeämpi suuntaus jatkui kahdella peräkkäisellä Moodies-albumilla. Justin Hayward kirjoitti ajavan kaksiosaisen teoksen ”Say What You Mean”. Tony Visconti tuotti osan ”Keysin” kappaleista, kuten myös Christopher Neil ja Alan Tarney. Seuranneella kiertueella heidät kutsuttiin soittamaan Montreux ’ n jazzfestivaaleille. Ei-albumin Justin Hayward-John Lodge kappale leikattu näissä sessioissa, ”Highway”, sisältyi” Say it With Love ”kaksitoista tuumaa single ja myöhemmin box set, kun taas vinyyli albumi ei sisällä heidän laulu” Once is Enough ” kuten compact disc versio.
yhtye pysyi tasaisena konserttien vetäjänä, ja joukko video-ja ääniversioita yhtyeen vuoden 1992 Night at Red Rocks-konsertista nautti suurta menestystä, erityisesti Yhdysvaltain julkisen television varainkerääjänä, jossa se oli esitetty ensimmäisen kerran. Konsertin johti ja sovitti Larry Baird, joka on osallistunut monien muiden yhtyeiden orkesterien livekonsertteihin, kuten Kansas, Michael Bolton, Three Dog Night, Al Jarreau ja Alan Parsons. Yhtye jatkoi myös lisämuusikoiden käyttöä lavalla ja studiossa. Mike Pinderin vuonna 1981 ja Patrick Morazin vuonna 1992 nostamien oikeusjuttujen jälkeen yhtye varoi tunnustamasta tulevia kosketinsoittajia virallisiksi jäseniksi. ”Keys of the Kingdom” – albumin kosketinsoittajana Paul Bliss on soittanut kosketinsoittimia yhtyeelle vuodesta 1991 lähtien, ja hänet ylennettiin ensimmäiseksi kosketinsoittajaksi vuonna 2001 (mutta hänet on sittemmin korvattu maaliskuussa 2010 19 vuoden yhtäjaksoisen palvelun jälkeen). Ray Thomas ja Bliss jatkoivat huilu-kosketinsoitindueton perinnettä monilla kiertueilla. Kun Graeme Edge loukkasi itsensä vuonna 1991, toinen rumpali Gordon Marshall otettiin hänen taustalleen; hän jäi yhtyeeseen Graeme Edgen toivuttua ja on pysynyt tehtävässä siitä lähtien.

Strange Times, 1990-luvun kiertueet
vuosina 1991-1998 yhtye piti taukoa levyttämisestä ja käytti aikaa yrittäen hioa esiintymistaitoa livenä orkesterin kanssa. Levytystauko päättyi vuonna 1999, ja albumi Strange Times, joka osoittautui yhtyeen ensimmäinen albumi lähes kaksi vuosikymmentä on enemmän kuin kohtalainen vastaanotto Britannian kriitikot, vaikka Justin Hayward oli lainattu sanomalla, että hän oli pettynyt albumin listasuoritus – luultavasti ei auttanut pitkä äänitystauko – joka oli huomattavasti vähemmän kuin ”Keys of the Kingdom” vuonna 1991. Se äänitettiin Reccossa, Italiassa Justin Haywardin ehdotuksesta,ja se oli yhtyeen ensimmäinen omakustanne. Albumilla kuultiin myös kosketinsoittimia ja sovituksia italialaiselta muusikolta Danilo Madonialta, joka on työskennellyt yhtyeen kanssa studiossa siitä lähtien. Albumin avasi englantilainen Sunset, pop-kappale, jossa on moderni, lähes tekno-sovitus. Alun perin Jekyll and Hyden Broadway-tuotannossa kuultu kappale This is the Moment (which is not on Strange Times) oli pieni hitti Yhdysvalloissa. Strange Times oli myös ensimmäinen albumi sitten vuoden 1970, joka sisälsi Graeme Edgen uuden runon Nothing Changes, jonka kertoi Graeme Edge itse, Justin Haywardin laulaessa kappaleen loppuosan, ja erityisesti päätellen lainaamalla Mike Pinderin vuoden 1968 kappaleen nimeä a Simple Game. Myös vuonna 1999 The Moody Blues esiintyi yhdessä Simpsonien jaksossa nimeltä Viva Ned Flanders. On Strange Times Ray Thomas ilmestyi vocal Justin Hayward ja John Lodge on ennemmin tai myöhemmin (Walkin’ on Air) ja hänen oma lyhyt laulu My Little Lovely, plus edellyttäen laulu pätkä ja taustalaulu Justin Hayward Englanti Sunset; nämä osoittautuisivat hänen kirjataan vocal swan song bändin kanssa.
vuonna 2000 yhtye julkaisi Hall of Famen, uuden Live-konsertin Royal Albert Hallista samanaikaisesti DVD-julkaisun kanssa. Kuva on otettu viimeiseltä kiertueelta, jolla Boshell soitti. Hän jätti live-kokoonpanon vuonna 2001; Bliss otti hoitaakseen ensimmäiset kosketinsoittajatehtävät, ja hänen entisen toisen kosketinsoittimen roolinsa täyttivät Bernie Barlow ja Julie Ragins Barlow ’ n jäädessä äitiyslomalle vuosiksi 2006-2009.
vuonna 2001 julkaistiin IMAX-elokuva ”Journey into Amazing Caves”, joka sisälsi kaksi uutta The Moody Bluesin kirjoittamaa ja esittämää kappaletta. Soundtrackilla Justin Hayward myös lauloi ja soitti kitaraa koko ajan. Yksi näistä kappaleista, nimeltään Water, On The Moody Bluesin ensimmäinen instrumentaalistudioäänitys sitten vuoden 1983 ”Hole in the World” – kappaleen nykyiseltä LP: ltä.

Ray Thomas jää eläkkeelle, joulukuussa 2002
uudella vuosituhannella Moody Blues lyhensi kiertueaikatauluaan. Vuoden 2002 lopussa perustajajäsen Ray Thomas vetäytyi yhtyeestä, jolloin The Moody Blues muuttui Justin Haywardin, John Lodgen ja Graeme Edgen muodostamaksi trioksi, joista viimeinen oli ainoa jäljellä oleva alkuperäisjäsen. Huilisti ja rytmikitaristi Norda Mullen värvättiin seuraavan vuoden alussa heidän Pohjois-Amerikan kiertueelleen, ja hän on työskennellyt yhtyeen kanssa livenä ja studiossa siitä lähtien. Loppuvuodesta 2003 yhtye julkaisi albumin December. Kappaleet sisälsivät alkuperäiset kappaleet ja neljä cover-versiota: John Lennonin ”Happy Xmas (War Is Over)”, Mike Battin ”a Winter ’ s Tale”, ”When a Child is Born” ja Irving Berlinin ”White Christmas”. December oli yhtyeen ensimmäinen covereita sisältävä albumi sitten vuoden 1965 debyyttialbumin The Magnificent Moodies.
maaliskuussa 2006 yhtyeen viisi ensimmäistä ”Core Seven” -albumia (Days of Futuren seitsemän albumia siirtyivät Seventh Sojourniin) julkaistiin uudelleen SACD-muodossa Deluxe-painoksilla, jotka sisälsivät bonuskappaleita ja joitakin yhtyeen harvinaisia ennenjulkaisemattomia kappaleita. Huhtikuussa 2007 Universal/Threshold julkaisi kaksi viimeistä klassikkoalbumia uudelleen. Nämä deluxe painokset olivat ainutlaatuisia art rock-ryhmä kuten Moodies, että yksi heidän jäsenistään, Justin Hayward, oli yksi otettu tekemään työtä, sijaan ammatillinen master teknikko. Justin Hayward kertoi kuunnelleensa näiden albumien virgin vinyl-kopioita ja käyttäneensä niitä vertailukohteina uusille CD-levyille. Syyskuussa 2008 Justin Hayward ilmoitti julkaisevansa octaven, Long Distance Voyagerin ja The Presentin remasteroidut versiot, jotka julkaistaan Universal Recordsilla lähikuukausina. 21. toukokuuta 2007 The Moodies julkaisi neljänkymmenen kappaleen, kahden levyn koosteen BBC: n studioilla nauhoitetuista sessioista, erilaisista televisioesiintymisistä ja aiemmin the Tom Jones Show’ ssa tehdystä ”lost” – esityksestä Live at the BBC: 1967-1970.