San Franciscoeditin apulaispiispaksi

6. heinäkuuta 2010 Paavi Benedictus XVI nimitti McElroyn San Franciscon apulaispiispaksi ja Gemellae in Byzacenan titulaaripiispaksi.7. syyskuuta 2010 McElroy sai piispaksi vihkimisen San Franciscon arkkipiispa George Hugh Niederauerilta, San Franciscon arkkipiispa Emeritus John Raphael Quinnilta ja Saltin piispa John Charles Westeriltä. Lake City toimi varakapteenina. Ylimääräisenä piispana McElroy toimi seurakunnan elämän ja kehityksen arkkihiippakunnan kirkkoherrana.

kirjoittaessaan Amerikassa vuonna 2014 hän väitti, että paavi Franciscuksen epätasa-arvon korostaminen katolisessa yhteiskuntaopetuksessa

ei mennyt läpi monien Amerikan katolilaisten kanssa, jotka arvostelivat hänen lausuntoaan radikaaliksi, yksinkertaistavaksi ja sekavaksi. Tämä vastaväite on jyrkkä ja kuvaava vastakohta sille muutoin innostuneelle vastaanotolle, jonka uusi paavi on saanut Yhdysvalloissa. Heti valintansa jälkeen paavi Franciscus on vanginnut Amerikan kansan huomion sanomallaan ja käytöksellään, vaikka hän on haastanut meidät kaikki syvään uudistumiseen ja uudistumiseen elämässämme. Amerikkalaiset ottavat sydämen paavin kehotuksesta rakentaa kirkollinen kulttuuri, joka heittää pois tuomitseva; he ylistävät rakenteellisia uudistuksia Vatikaanissa; ja he ihailevat Franciscus jatkuva keskittyminen pastoraalinen tarpeisiin tavallisten miesten ja naisten.

San Diegoeditin piispaksi

3.maaliskuuta 2015 paavi Franciscus nimitti McElroyn San Diegon kuudenneksi piispaksi edesmenneen piispa Cirilo Floresin seuraajaksi. Hiippakunta palvelee noin miljoonaa katolilaista San Diegon ja keisarillisten piirikuntien alueella. Hänen virkaanasettamisensa tapahtui 15. huhtikuuta 2015 Carmelin katolisen kirkon St. Theresessä.

Mcelroyta pidetään yleisesti paavi Franciscuksen edistyksellisen politiikan kannattajana. Hän on kirjoittanut usein ja laajasti yhteiskunnallisesta eriarvoisuudesta ja kirkon sosiaalisen oikeudenmukaisuuden tehtävästä. Ensimmäisessä julkisessa esiintymisessään San Diegossa hän lupasi puolustaa kodittomien asiaa, tukea laajaa maahanmuuttouudistusta ja kieltää alaikäisiä hyväksikäyttäneitä palvelemasta papistossa tai muussa työssä hiippakunnassa.

keskustellessaan Yhdysvaltain katolisten piispojen konferenssin (USCCB) vuonna 2015 laatiman asiakirjan ”Forming conscients for Faithful Citizenship” muodostamisesta McElroy väitti, että asiakirja keskittyi liikaa aborttiin ja eutanasiaan. Hän sanoi ,että ” abortti-ja eutanasiakysymysten ohella, jotka ovat keskeisiä kysymyksiä pyrkimyksissämme muuttaa tätä maailmaa, myös köyhyys ja maapallon rappeutuminen ovat keskeisiä. Dokumentti pitää kuitenkin kiinni vuoden 2007 maailmankuvan rakenteesta. Se kallistuu abortin ja eutanasian puolesta ja sulkee pois köyhyyden ja ympäristön.”Hän vaati sen poistamista kokonaan. Hänen kommenttiensa kerrottiin ärsyttäneen silminnähden kardinaali Daniel Dinardoa, joka toimi tuolloin USCCB: n varapresidenttinä ja josta tuli myöhemmin sen puheenjohtaja. McElroy kehotti 17.helmikuuta 2016 pitämässään puheessa katolilaisia ”tunnustamaan ja kohtaamaan islaminvastaisen kiihkoilun ruman tulvan” Yhdysvalloissa. Hän tuomitsi ”toistuvina valheina” väitteet siitä, että Islam on väkivaltainen uskonto, ja vertasi näitä väitteitä 1800-luvun katolilaisuuden vastaisuuteen Amerikassa.

McElroy toimii tällä hetkellä Kalifornian katolisen konferenssin varapuheenjohtajana ja toimii USCCB: ssä hallintovaliokunnassa, ekumeenisessa komiteassa, sisäasiainvaliokunnassa ja kansainvälisten asioiden valiokunnassa.

vuonna 2017 hän saarnasi San Franciscon arkkipiispa John R. Quinnin hautajaisissa.

McElroy, kuten useimmat kirkon hierarkian jäsenet, kuten paavi Franciscus ja USCCB, on vastustanut Yhdysvaltain presidentin Donald Trumpin suunnitelmia rakentaa muuri Meksikon ja Yhdysvaltain rajalle rajoittamaan laitonta maahanmuuttoa. Maaliskuussa 2018 Trump vieraili Kaliforniassa tutustumassa muurin prototyyppeihin. Vierailun jälkeen McElroy sanoi: ”on surullinen päivä maallemme, kun vaihdamme Vapaudenpatsaan majesteettisen, toivon täyttämän symboliikan tehottomaan ja groteskiin muuriin, joka sekä näyttää että paisuttaa etnisiä ja kulttuurisia jakolinjoja, jotka ovat pitkään olleet kansallisen historiamme alla.”

vuoden 2018 kokouksessa useat maallikkokatolilaiset kysyivät Mcelroylta avoimesti homosta miehestä, Aaron Biancosta, joka työskenteli St. John the Evangelist Parishissa. Vastatessaan yhteen heidän kysymykseensä McElroy sanoi: ”Jos kirkko poistaisi kaikki työntekijät, jotka eivät elä kirkon opetusten mukaisesti sen täyteydessä, palkkaisimme vain enkeleitä.”

vuonna 2016 McElroy sai kirjeen psykoterapeutilta ja papilta seksuaalisen hyväksikäytön asiantuntijalta Richard Sipeltä, jossa käsiteltiin eläköityneen kardinaali Theodore Mccarrickin väitettyjä seksuaalirikoksia. Aiemmassa keskustelussa McElroy oli pyytänyt Sipesiltä vahvistavaa materiaalia väitteidensä tueksi.

”kysyin, voisiko hän kertoa tämän tiedon minulle, varsinkin kun jotkut hänen syytöksistään koskivat henkilöitä, jotka yhä toimivat kirkon elämässä. Sipe sanoi, ettei hän voinut jakaa tiettyjä dokumenttitietoja, jotka vahvistaisivat hänen väitteensä….Tri Sipe teki monia merkittäviä lahjoituksia ymmärtääkseen pappien seksuaalisen hyväksikäytön mittasuhteita Yhdysvalloissa ja auttaakseen uhreja. Mutta koska hänen halukkuutensa jakaa vahvistavaa tietoa oli rajallinen, oli mahdotonta tietää, mikä oli todellista ja mikä huhua.”

Mccarrickin väitetyt toimet tulivat julkisuuteen kesäkuussa 2018 ja hänet erotettiin julkisuudesta Vatikaanin pidettyä syytöstä uskottavana.

vuonna 2020, 3 viikkoa ennen Yhdysvaltain presidentinvaaleja, McElroy Arvosteli niitä, jotka kyseenalaistivat Bidenin henkilökohtaisen katolisen uskon hänen aborttia koskevien kantojensa perusteella, ja piti sitä ”hyökkäyksenä katolilaisuuden merkitystä vastaan.”McElroy sanoi, että vaikka aborttiteot ovat luonnostaan pahoja, sitä koskevassa lainsäädännössä on kyse varovaisesta harkinnasta, ja lisäksi että katolinen identiteetti ei kestä tai kaadu yhden poliittisen kannan varaan. Katoliseen yhteiskuntaoppiin ja identiteettiin kuuluvat muun muassa solidaarisuus, myötätunto, rakkaus kirkkoa kohtaan ja ”armon täyttämä suhde Jumalaan”.