ennen kuin laktoosi voi imeytyä elimistöön, se on jaettava kahteen komponenttisokeriin. Tämä prosessi vaatii laktaasia. Useimmilla nisäkkäillä laktaasiaktiivisuus vähenee vieroituksen jälkeen,mutta joissakin ihmisen etnisissä ryhmissä laktaasiaktiivisuus voi säilyä aikuisikään asti, mikä mahdollistaa suuren määrän ravinnon laktoosia täydellisen pilkkoutumisen. Näin on esimerkiksi valkoihoisilla valkoihoisilla, jotka muodostavat suuren osan Yhdistyneen kuningaskunnan väestöstä.

laktoosi-intoleranssin voi saada kahdella tavalla. Primaarinen laktaasinpuutos/pysyvyys on geneettisesti periytyvä, ikään liittyvä laktaasiaktiivisuuden lasku, joka ilmenee yleensä 5-20 vuoden iässä. Se ei ole varhaislapsuuden tila. Laktaasiaktiivisuuden menetys on harvoin totaalista, mutta laskee 10-30% entsyymiaktiivisuuden alkutasosta. Primaarisessa laktaasinpuutoksessa entsyymiaktiivisuuden väheneminen on pysyvää, eikä sitä voi indusoida suurilla laktoosimäärillä (laktoosin nauttimisella). Sekundaarinen laktaasinpuutos on ohimenevä laktaasinpuutostila, joka johtuu suolen limakalvon vaurioitumisesta, jossa laktaasia syntyy. Vahingon voi aiheuttaa vakava gastroenteriitti, aliravitsemus, hallitsematon keliakia, tulehduksellinen suolistosairaus (IBS), syöpä tai toksiinit. Vaikka laktoosi-intoleranssi esiintyy pääasiassa aikuisväestöllä, vauvoilla ja pikkulapsilla voi esiintyä väliaikaista sekundaarista laktoosi-intoleranssia gastroenteriitin tai muun suolistotulehdukseen vaikuttavan infektion jälkeen. Sekundaarisen laktoosi-intoleranssin oireet häviävät normaalisti, kun suolen seinämä on toipunut vammasta, yleensä 2-4 viikon kuluessa.

geneettisesti ohjelmoitu ja osittainen vieroituksen jälkeinen suoliston laktaasiaktiivisuuden menetys vaikuttaa jopa 70 prosenttiin maailman väestöstä. Korkea laktaasiaktiivisuus aikuisiällä (ja siten kyky sulattaa laktoosia helposti) on yleisintä Pohjois-Euroopan maissa, joissa ilmasto suosii maidontuotantoa ja näin ollen maito ja maitotuotteet ovat kuuluneet aikuisten päivittäiseen ruokavalioon vuosisatojen ajan. Esimerkiksi Yhdistyneessä kuningaskunnassa, Ruotsissa, Hollannissa, Belgiassa ja Irlannissa vain 5%: n väestöstä arvellaan kärsivän minkä tahansa asteisesta laktoositaudista. Muissa Euroopan maissa laktaasientsyymin alhaisten pitoisuuksien esiintyvyys on korkeampi, 15-75 prosentin välillä, joskin tarkkoja lukuja on vaikea määrittää. Muualla maailmassa, erityisesti mustissa ja aasialaisissa yhteisöissä, joissa maitoa ei perinteisesti nautita osana tyypillistä aikuisten ruokavaliota, laktaasinpuutos (Alhainen entsyymipitoisuus) voi olla lähes 100%.

Jos laktoosin arvellaan aiheuttavan ruoansulatusongelmia, maitoa, maitotuotteita ja muita laktoosia sisältäviä ruokia voi kokeilla 2-3 viikon ajan; jos oireet häviävät maidottomalla ruokavaliolla ja ilmaantuvat uudelleen maidon palauttamisen jälkeen ruokavalioon, laktoosi-intoleranssi on todennäköistä. Suoliston laktaasin aktiivisuutta voidaan mitata joko suoraan tai epäsuorasti. Suoria menetelmiä ovat suoliston biopsia ja suoliston perfuusio. Epäsuoriin menetelmiin kuuluu vakioannos laktoosia, yleensä 50 g nestemäisessä muodossa (vastaa 1 litraa maitoa), ja sen jälkeen mitataan veren glukoosi tai hengitysvety. Veren glukoosipitoisuuden pieni nousu tai nousu laktoosin nauttimisen jälkeen osoittaa, että laktoosi ei ole hydrolysoitunut ja imeytynyt ohutsuoleen. Laktoosin nauttimisen jälkeen uloshengitysilman vetypitoisuuden nousu on seurausta laktoosin bakteerikäymisestä paksusuolessa. Suoliston laktaasin vähentynyt aktiivisuus ei kuitenkaan välttämättä tarkoita sitä, että henkilö kärsii laktoosi-intoleranssista, kun hän kuluttaa maan tyypillistä ruokavaliota, joka ei todennäköisesti tarjoa niin suuria laktoosipitoisuuksia (lasillinen maitoa tarjoaa tyypillisesti noin 8 g).

periaatteessa laktoosi-intoleranssin oireet ovat annosriippuvaisia: mitä suurempi määrä laktoosia annetaan, sitä voimakkaampia oireet todennäköisesti ovat. Laktoosimaldigestion aiheuttamat ruoansulatuskanavan oireet voivat kuitenkin vaihdella yksilöiden välillä ja muut tekijät voivat myös vaikuttaa intoleranssin asteeseen. Mahan hitaan tyhjenemisen ja pitkän läpikulkuajan on osoitettu parantavan laktoosin imeytymistä. Siksi potilaille auttaa, että laktoosi on osana ateriaa eikä aterioiden välissä. Paksusuolen kasviston metabolinen aktiivisuus vaihtelee suuresti yksilöiden välillä ja sillä uskotaan olevan tärkeä rooli laktaasiaktiivisuudesta riippumattomien intoleranssioireiden ilmaantumisessa tai puuttumisessa suolistossa. Imeytymätön laktoosi lisää paksusuolen sisällön happamuutta aiheuttaen muutoksia paksusuolen bakteerien koostumuksessa ja niiden aineenvaihdunnassa. Ajan myötä bakteerikasvuston jonkinasteinen sopeutuminen saattaa johtaa laktoosin sietokyvyn paranemiseen maldigestiosta huolimatta.

koska laktoosi-intoleranssin ja ärtyvän suolen oireyhtymän (IBS) oireet ovat hyvin samankaltaisia, on todennäköistä, että tilojen välillä on väärä diagnoosi. Kaksoissokkoutetuissa kontrolloiduissa tutkimuksissa itse diagnosoitujen laktoosi-intoleranttien henkilöiden ei havaittu kärsivän merkitsevästi enemmän intoleranssioireista riippumatta siitä, käyttivätkö he tavallista maitoa, joka sisältää 15 g laktoosia päivässä, vai laktoosihydrolysoitua laktoosimaitoa (eli vähälaktoosista maitoa). Muut tutkimukset ovat osoittaneet, että kaikki potilaat, joilla epäillään laktoosi-intoleranssia, eivät parane laktoosittomalla ruokavaliolla, ja siksi he kärsivät todennäköisemmin IBS: stä kuin laktoosi-intoleranssista. Yksilöllä voi kuitenkin olla laktaasinpuutos ja hän voi kärsiä IBS: stä, jolloin laktoosin nauttimisen oireet voivat pahentua.