Karachin hallinnon historia alkaa vuodesta 1846, jolloin koleraepidemia uhkasi kaupungin 9 000 asukasta. Tämän tartuntataudin torjuntaa koordinoi Luonnonsuojelulautakunta. Vuonna 1852 Suojeluskunnasta tuli Kunnallislautakunta ja vuonna 1853 se korotettiin Kunnallislautakunnaksi. Vuonna 1878 kaupunki sai valtuudet kerätä veroja paikallistasolla.

Karachin kaupungin Kunnallislaki säädettiin vuonna 1933, ja Kunnalliskomiteasta tuli monikansallinen 57-jäseninen kuntayhtymä, jolla oli entisen pormestarin ja apulaispormestarin tilalle puheenjohtaja ja varapuheenjohtaja. Ensimmäinen presidentti oli Jamshed Naserwanji, joka oli aiemmin toiminut pormestarina kaksikymmentä vuotta.

itsenäistymisen jälkeen vuonna 1947 Karachista tuli juuri itsenäistyneen Pakistanin valtion pääkaupunki ja pormestari Hakim Ehsan vastaanotti kenraalikuvernööri Muhammad Ali Jinnahin Karachin kansainvälisellä lentokentällä. Vuonna 1948 kaupungin rajat vahvistettiin uuden liittovaltion pääkaupunkialueen sisällä, joka kattoi 2 103 km2, mutta sisälsi myös useita Karachista erillisiä pikkukaupunkeja ja kyliä.

vuosina 1961-1970 entinen liittovaltion pääkaupunkiterritorio yhdistettiin naapuriosavaltio Las Belan kanssa Länsi-Pakistanin Karachi-Belan Jaoksi. 1970-luvulla tämä fuusio kumottiin ja Karachista tuli oma divisioonansa, jonka pinta-ala oli 3 528 km2.

Karachi Municipal Corporation muutettiin Metropolitan Corporationiksi vuonna 1976, minkä jälkeen vuosina 1987-1994 toimivat alueiden kunnalliset komiteat. Hallintojärjestelmä muuttui jälleen vuonna 1996, jolloin Karachin piirikunta jaettiin viiteen piirikuntaan, joista jokaisella oli oma kuntayhtymä.

vuonna 1999 presidentti Pervez Musharraf sitoutui uudistamaan maan koko hallintorakenteen. Vuonna 2000 koko kolmas Hallintotaso (hallintopiirit) lakkautettiin neljännen tason (piirit) hyväksi. Karachissa Karachin aluejako ja viisi piirikuntaa yhdistettiin uudeksi Kaupunkipiirikunnaksi, joka jaettiin elokuussa 2001 kahdeksaantoista autonomiseksi kaupungiksi, joihin kuului 178 paikallista liittovaltuustoa.

kaupunkijärjestelmä lakkautettiin vuonna 2011, ja Karachin Kehityshallintoa johdetaan paikallishallinnon sijaan maakuntatasolla.