Oninin sodassa (1467-1477), jonka taustalla oli Ashikaga-shōgunaatin sisäinen vallanperimyskiista, nähtiin selvä keskushallinnon hajoaminen ja kapina useiden herruudesta kamppailevien daimyo-klaanien välillä. Tämä johti Sengoku-eli sotivien valtioiden aikaan.

monet Sengoku-daimyot olivat entisiä Shugo-daimyoja, jotka nousivat provinssien virkamiesten, varavaltuutettujen tai paikallisen maata pitävän samurain riveistä. Yli 150 vuotta kestänyt sodankäynti jatkui daimio-sotapäälliköiden välillä Oda Nobunagan valtaannousuun ja hänen yhdistymissuunnitelmiinsa saakka, minkä toteutti kyvykäs kenraali Toyotomi Hideyoshi, joka anasti Oda-vallan Nobunagan kuoltua, ja lopulta Tokugawa Ieyasu. Sotapäälliköt jakautuivat kahteen suureen armeijaan Toyotomi Hideyoshin kuoltua vuonna 1598, hallitsevan Toyotomi-klaanin tukijoihin läntisissä joukoissa ja voimakkaaseen Daimioon, Tokugawa Ieyasuun itäisissä joukoissa. Ratkaisevin taistelu käytiin lokakuussa 1600 Sekigaharassa, ja voittajana Tokugawa Ieyasu otti shogunin roolin.

Edo-kaudella oli kolme daimyotyyppiä, Tozama, Fudai ja Shinpan daimyo. Sekigaharan taistelun jälkeen vuonna 1600 Ieyasu organisoi uudelleen noin 200 daimiota ja heidän valtakuntaansa perustuen heidän suhteeseensa Tokugawa-klaaniin.

tozama eli ”ulompi” daimio olivat niitä, jotka eivät olleet entisiä liittolaisia tai joilla oli syytä huoleen. Heille tarjottiin harvoin, jos koskaan, hallituspaikkoja. Järjestetyt avioliitot Tozaman daimyon ja Tokugawa-klaanin perheiden välillä, ja Sankin Kotain (vaihtoehtoinen osallistuminen hoviin) politiikka piti heidät tiukasti kurissa.