kemiallisesti herkät elimet, joita monet matelijat käyttävät saaliinsa etsimiseen, sijaitsevat nenässä ja suun katossa. Osa nenän limakalvosta koostuu hajun toimintaa ylläpitävistä soluista, jotka vastaavat muiden selkärankaisten vastaavia soluja. Toinen kemoreseptori on Jacobsonin elin, joka sai alkunsa sammakkoeläinten nenäpussin ulokkeena; se säilyi sellaisenaan tuataroilla ja krokotiileilla. Jacobsonin elin on kehittynein liskoilla ja käärmeillä, joissa sen yhteys nenäonteloon on suljettu ja tilalle tulee suuaukko. Jacobsonin elimen aivoihin yhdistävä hermo on hajuhermon haara. Kilpikonnista Jacobsonin urut ovat kadonneet.

Jacobsonin elimen käyttö on ilmeisintä käärmeillä. Jos voimakas haju tai tärinä stimuloi käärmettä, sen kieli lipuu sisään ja ulos nopeasti. Jokaisella takaisinvedolla haarainen kärki koskettaa suun kattoa lähellä Jacobsonin elimen aukkoa siirtäen kaikki hajuhiukkaset kieleen. Itse asiassa Jacobsonin elin on lyhyen kantaman kemoreseptori ei-Airborne hajuja, vastakohtana havaitseminen ilmassa hajuja, haju tavanomaisessa merkityksessä, hajuaistin laikkuja nenäputkessa.

jotkin käärmeet (erityisesti suuret kyykäärmeet) ja skleroglossaaniliskot (kuten skinit, monitorit ja muiden heimojen kolotetut lajit) turvautuvat hajukudokseen ja Jacobsonin elimeen ravinnon etsimisessä, lähes muiden aistien poissulkemiseksi. Toiset matelijat, kuten eräät päiväliskot ja krokotiilit, eivät näytä käyttävän hajuaistiaan saaliin etsimiseen, vaikka ne saattavatkin käyttää hajuaistiaan puolison etsimiseen.

kuoppakyykäärmeillä (heimo Viperidae), booilla ja pytoneilla (heimo Boidae) sekä muutamilla muilla käärmeillä on päässään erityisiä lämpöherkkiä elimiä (infrapunareseptoreita) osana ravinnonhavaintolaitteitaan. Aivan kuopan alapuolella ja takana on kuoppa, josta ryhmä saa yhteisnimensä. Monien pytonien ja boojen huuliasteikoissa on painaumia (labiaalikuoppia), jotka ovat analogisia kyyn kuopan kanssa. Pytonien ja boojen labiaalikuopat on vuorattu muuta päätä peittävällä ohuemmalla iholla, ja niissä on tiheitä hiussuonien ja hermokuitujen verkostoja. Kyyn naamakuoppa on suhteellisesti syvempi kuin Boan labiaalikuopat ja koostuu kahdesta kammiosta, joita erottaa ohut kalvo, jossa on runsaasti hienoja verisuonia ja hermoja. Kokeissa, joissa käytetään lämpimiä ja kylmäkattoisia sähkövalolamppuja, kuoppakyyhkyjen ja kuoppakyyhkyjen on osoitettu havaitsevan alle 0,6 °C: n (1,1 °F) lämpötilaeroja.

monet kuoppakyyt, pytonit ja boat ovat yöeläimiä ja käyttävät ravinnokseen pääasiassa nisäkkäitä ja lintuja. Kasvoissa sijaitsevat infrapunareseptorit mahdollistavat sen, että nämä matelijat voivat suunnata iskunsa tarkasti pimeässä, kun niiden tasalämpöinen saalis saapuu kantaman päähän. Saaliseläinten lähestymisen tunnistaa todennäköisesti niiden maassa aiheuttamasta tärinästä, mutta myös näköaistia ja ehkä jopa hajuaistia käytetään. Kuopan elimet vain vahvistavat saaliin henkilöllisyyden ja tähtäävät iskuun.