Cada cromosoma contiene una molécula de ADN que está superenrollado y compactado por proteínas asociadas a nucleoides (NAPs).

Las células procariotas pueden tener solo un cromosoma, pero ese cromosoma es una molécula de ADN muy larga que debe condensarse para caber dentro de un espacio diminuto. En una célula eucariótica, el ADN se envuelve alrededor de grupos de proteínas histónicas. Sin embargo, la mayoría de las células procariotas no usan histonas para ayudar con el almacenamiento de ADN. (Algunas Arqueas lo hacen, pero son la excepción, en lugar de la regla.)

Al igual que el ADN eucariótico, el ADN procariótico sufre un sobreenrollado, pero no se enrolla primero alrededor de los grupos de histonas. El superenrollado utiliza la aplicación de tensión para torcer una molécula de ADN, de modo que se envuelve a sí misma, creando bucles.

El plegamiento del ADN procariótico se ve facilitado por las proteínas asociadas a nucleoides (SIESTAS) en lugar de las histonas. Las siestas son proteínas dentro del nucleoide que pueden unirse a la molécula de ADN, introduciendo curvas y pliegues, y están involucradas en procesos como la replicación y transcripción del ADN.

Las células procariotas son haploides, lo que significa que no tienen cromosomas que se encuentren en pares homólogos.

La mayoría de las células procariotas tienen un solo cromosoma, por lo que se clasifican como células haploides (1n, sin cromosomas emparejados). Incluso en Vibrio cholerae, que tiene dos cromosomas, los cromosomas son únicos entre sí. Es decir, no son una pareja homóloga, porque no contienen los mismos genes en los mismos lugares.

Muchos procariotas, como las bacterias, se reproducen a través de la fisión binaria. Este es un método de reproducción asexual que es similar en su resultado final a la mitosis: dos células hijas resultan, cada una con el mismo número de cromosomas que la célula madre. Sin embargo, cuando las bacterias se someten a fisión binaria, no se forma huso mitótico. Además, la replicación del cromosoma de la célula procariota puede ocurrir durante el proceso de fisión.

Las células procariotas también pueden transportar pequeñas moléculas de ADN llamadas plásmidos.

Los plásmidos son pequeñas moléculas de ADN circulares que contienen los genes no esenciales de la célula. Aunque los plásmidos pueden presentarse en una variedad de tamaños (que van desde alrededor de mil pares de bases hasta cientos de miles), generalmente solo tienen un pequeño número de genes. La resistencia a los antibióticos es un rasgo que con frecuencia se atribuye a los genes de los plásmidos.

El material genético de los plásmidos está separado del del cromosoma principal de la célula, y pueden replicarse independientemente de ese cromosoma. Cuando una célula procariótica con plásmido se divide, las células hijas reciben una copia del plásmido, junto con su cromosoma regular.

Los cromosomas procarióticos y eucarióticos difieren en su forma, tamaño, número y ubicación dentro de la célula.

Así se comparan las características de los cromosomas eucarióticos y procarióticos.

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