The Moody Blues durchgeführt live in der Birmingham Heart Beat Charity Concert 1986, die Geld für die Birmingham Children’s Hospital angehoben. Die Band spielte vier Songs, und später zur Verfügung gestellt Backup mit dem Electric Light Orchestra für George Harrison.Die Moodies setzten ihren frühen Video-Generation Erfolg mit Sur La Mer (1988) und sein Video und Single „I Know You’re Out There Somewhere“ (No.30 US, No.52 UK, No.2 US Mainstream Rock), eine Fortsetzung von „Your Wildest Dreams“. Ihr Sound nahm eine immer synthetischer und technischer Qualität als Moraz und Visconti begann mit modernen Sequenzern, Sampler und Drum-Machines. Während dieser Zeit, Justin Hayward und John Lodge schrieben und sangen die meisten Songs, als die Band von ihrer neuen Plattenfirma unter Druck geriet, PolyGram Records, diejenigen zu fördern, die es als die beiden kommerziell aussehenden und klingenden Mitglieder ansah. Ray Thomas spielte eine verminderte Rolle im Studio. Die Band entwickelte sich zu einem Synthpop-Act mit Musik, die überhaupt nicht für eine Flöte geeignet war (obwohl Ray Thomas tatsächlich zusätzliche Percussion, insbesondere ein flottes Tamburin, für viele weitere Moodies-Songs zur Verfügung stellte, die weiterhin zu hören waren, sowie gelegentliche Mundharmonika), und zu diesem Zeitpunkt wurde er weitgehend in den Status eines Backup-Sängers verbannt. Ray Thomas war in dieser Zeit ebenfalls unwohl, was seine Beteiligung an der Band im Aufnahmestudio weiter einschränkte. Er lieferte einige Backing-Vocals für The Other Side of Life und Sur La Mer; mehrere Produktionsüberlegungen veranlassten Visconti jedoch, den Gesang von Ray Thomas auf dem letzteren dieser beiden Alben zu belassen, wodurch die Textur ihres gesamten Gesangsklangs, der aus reichen vierstimmigen Harmonien bestand, weiter reduziert wurde, dann auf drei, jetzt noch weiter reduziert nur die ähnlich klingenden Stimmen von Justin Hayward und John Lodge (John Lodge lieferte auch Falsettgesang und hohe Harmonien), wobei Mike Pinder und Ray Thomas jeweils sowohl niedrigere als auch höhere Stimmharmonien im früheren Gesangsklang der Gruppe geliefert hatten. Der vokale „Sound“ der Band war zu einer Mischung aus Justin Hayward und John Lodge geworden, die immer noch erkennbar war, wenn auch weniger strukturiert als der ursprüngliche vierteilige, komplexere „Chorklang“.

1990er Jahre bis heute
Abschied von Patrick Moraz
Ray Thomas ‚hoher Stellenwert blieb auf der Bühne vor allem in seiner fortgesetzten Fähigkeit, seine Moodies-Klassiker der 1960er und 1970er Jahre zu singen, sowie in Flöten- und Keyboardduetten, die er mit Moraz komponierte, die nur von den beiden während der Moodies-Konzerte aufgeführt wurden. Die Band hatte begonnen, ihren Konzertsound 1986 mit einem zweiten Keyboarder (Bias Boshell war der erste, der 1987 durch Guy Allison ersetzt wurde, bevor Boshell 1990 zurückkehrte) sowie weiblichen Backgroundsängern zu verstärken.Im Jahr 1991, auf halbem Weg durch die Produktion ihres neuen Studioalbums, machte Patrick Moraz einige Kommentare in einem Artikel in Keyboard Magazine, die Unzufriedenheit mit seiner Rolle in den Moodies vorgeschlagen. Seine Beschwerden reichten von der Musik der Moodies, die zu einfach in der Struktur wurde, bis hin zur Zurückhaltung der anderen Mitglieder, ihm zu erlauben, bedeutende Beiträge zum Songwriting auf ihren Alben zu leisten. Er verbrachte auch viel Zeit damit, ein Musikkonzert zu planen, um das 700-jährige Jubiläum seiner Heimat Schweiz zu feiern, anstatt mit den Moodies zu proben. Er wurde von der weiteren Teilnahme an der Gruppe entlassen, bevor das Projekt abgeschlossen war. Boshell und der neue Keyboarder Paul Bliss wurden hinzugezogen, um die Keyboard-Tracks des neuen Albums fertigzustellen. Obwohl Moraz in den letzten Jahren als „offizielles Bandmitglied“ in Gruppenfotos auf den vier Studioalben der 80er Jahre von „Long Distance Voyager“ bis „Sur La Mer“ aufgeführt wurde, bezeichnen Moodies-Zusammenstellungen Moraz nun lediglich als „zusätzlichen Keyboarder“ Moraz ging später in den USA gegen die Gruppe vor, die er gewann, erhielt dann aber aufgrund von Buchhaltungsverlangsamungen anstelle der von ihm geforderten 4.000.000 US-Dollar nur noch eine Nachzahlung von 90.000 US-Dollar.Keys of the Kingdom (1991) hatte bescheidenen kommerziellen Erfolg. Wieder einmal führten Justin Haywards Songs das Album mit den neuen Singles „Say it With Love“ und „Bless the Wings (That Bring You Back)“ an. Ebenfalls enthalten war ein neues Ambient-Flötenstück von Ray Thomas mit dem Titel „Celtic Sonant. Justin Hayward und Ray Thomas schrieben auch „Never Blame the Rainbows for the Rain“, um das Album zu beenden. John Lodge würde eine definierende Verschiebung in seinem Songwriting auf diesem Album machen, seine Marke energiereiche Rockmusik verlassend, und stattdessen zu langsamen Liebesballaden wie „Lean on Me (Tonight)“ gravitierend (obwohl er früher einige Lieder in dieser sanfteren Ader wie „Emilys Lied“ für seine Tochter 1971 und „Überleben“ 1978, plus „Sprechend aus der Reihe“ 1981 beigetragen hatte), während John Loges mächtigere Lieder mit „Magie“ und dem Lennonesque „Schatten an der Wand“ fortsetzten. Dieser sanftere Trend würde sich auf den beiden aufeinanderfolgenden Moodies-Alben fortsetzen. Justin Hayward schrieb das treibende zweiteilige Stück „Say What You Mean“. Tony Visconti produzierte einige der Tracks auf „Keys“, ebenso wie Christopher Neil und Alan Tarney. Auf der anschließenden Tournee wurden sie eingeladen, am Montreux Jazz Festival zu spielen. Ein Nicht-Album Justin Hayward-John Lodge Song bei diesen Sitzungen geschnitten, „Autobahn“, wurde auf dem „Say it With Love“ Zwölf-Zoll-Single und auf einem späteren Box-Set enthalten, während das Vinyl-Album nicht enthalten ihren Song „Once is Enough“ wie auf der CD-Version.Die Gruppe blieb ein stetiger Konzert ziehen, und eine Reihe von Video-und Audio-Versionen ihrer 1992 Night at Red Rocks Konzert genossen großen Erfolg, vor allem als Fundraiser für American Public television, wo es zuerst ausgestrahlt worden war. Das Konzert wurde von Larry Baird dirigiert und arrangiert, der an vielen orchestralen Live-Konzerten anderer Bands wie Kansas, Michael Bolton, Three Dog Night, Al Jarreau und Alan Parsons teilgenommen hat. Die Gruppe setzte auch den Einsatz zusätzlicher Musiker auf der Bühne und im Studio fort. Nach den beiden Klagen von Mike Pinder im Jahr 1981 und Patrick Moraz im Jahr 1992 achtete die Band darauf, zukünftige Keyboarder nicht als offizielle Mitglieder anzuerkennen. Nach seinen Beiträgen als Keyboarder auf dem Album ‚Keys of the Kingdom‘ spielt Paul Bliss seit 1991 live Keyboards für die Band und wurde 2001 zum ersten Keyboarder befördert (wurde aber im März 2010 nach 19 Jahren ununterbrochenem Dienst bei der Band ersetzt). Ray Thomas und Bliss setzten die Tradition eines Flöte / Keyboard-Duetts für viele Tourneen fort. Nachdem sich Graeme Edge 1991 verletzt hatte, wurde der zweite Schlagzeuger Gordon Marshall geholt, um ihn zu unterstützen; Er blieb bei der Gruppe, nachdem Graeme Edge sich erholt hatte und seitdem in der Position geblieben ist.

Strange Times, 1990s tours
Von 1991 bis 1998 machte die Gruppe eine Pause von den Aufnahmen und verbrachte Zeit damit, die Kunst des Live-Auftritts mit einem Orchester zu perfektionieren. Die Aufnahmepause endete 1999 mit dem Album Strange Times, das sich als das erste Album der Gruppe seit fast zwei Jahrzehnten erwies, das von britischen Kritikern mehr als mäßig aufgenommen wurde, obwohl Justin Hayward mit den Worten zitiert wurde, er sei enttäuscht über die Chartperformance des Albums – wahrscheinlich nicht geholfen durch die lange Aufnahmepause – die 1991 deutlich weniger als ‚Keys of the Kingdom‘ war. Es wurde in Recco, Italien, auf Vorschlag von Justin Hayward aufgenommen und war das erste selbstproduzierte Werk der Band. Das Album enthielt auch Keyboards und Arrangements des italienischen Musikers Danilo Madonia, Wer hat seitdem mit der Band im Studio gearbeitet. Das Album begann mit English Sunset, einem Popsong mit einem modernen, fast Techno-Arrangement. Das Lied This is the Moment (das nicht auf Strange Times ist), das ursprünglich in der Broadway-Produktion von Jekyll und Hyde zu sehen war, war ein kleiner Hit in den USA. Strange Times war auch das erste Album seit 1970, das ein neues Gedicht von Graeme Edge, Nothing Changes, enthielt, das von Graeme Edge selbst erzählt wurde, wobei Justin Hayward dann den abschließenden Teil des Tracks sang und insbesondere Mike Pinders Songtitel A Simple Game von 1968 zitierte. Ebenfalls 1999 erschien der Moody Blues in einer Episode der Simpsons namens Viva Ned Flanders. Auf Strange Times erschien Ray Thomas stimmlich mit Justin Hayward und John Lodge auf Sooner or Later (Walkin ‚on Air) und seinem eigenen kurzen Song My Little Lovely, plus lieferte einen Gesangsausschnitt und Backing Vocals auf Justin Haywards English Sunset; Diese würden sich als sein aufgenommener vokaler Schwanengesang mit der Band erweisen.Im Jahr 2000 veröffentlichte die Band Hall of Fame, ein neues Live-Konzert aus der Royal Albert Hall, mit einer gleichzeitigen DVD-Veröffentlichung. Dies wurde von der letzten Tour übernommen, auf der Boshell gespielt hat. Er verließ die Live-Aufstellung im Jahr 2001; Bliss übernahm die ersten Keyboard-Aufgaben, wobei seine frühere zweite Keyboard-Rolle von Bernie Barlow und Julie Ragins besetzt wurde, als Barlow von 2006 bis 2009 Mutterschaftsurlaub nahm.Im Jahr 2001 wurde ein IMAX-Film mit dem Titel Journey into Amazing Caves veröffentlicht, der zwei neue Songs von The Moody Blues enthielt. Der Soundtrack zeigte auch Justin Hayward, der Gesang und Gitarre spielte. Einer dieser Songs mit dem Titel Water ist die erste instrumentale Studioaufnahme der Moody Blues seit ihrem 1983er Stück Hole in the World von der vorliegenden LP.

Ray Thomas geht in den Ruhestand, Dezember 2002
Im neuen Jahrtausend reduzierten die Moody Blues ihren Tourplan. Ende 2002 zog sich Gründungsmitglied Ray Thomas aus der Gruppe zurück und reduzierte den Moody Blues auf das Trio Justin Hayward, John Lodge und Graeme Edge, wobei der letzte das einzige verbleibende Originalmitglied war. Die Flötistin und Rhythmusgitarristin Norda Mullen wurde Anfang des folgenden Jahres für ihre Nordamerika-Tour rekrutiert, und hat seitdem live und im Studio mit der Band gearbeitet. Gegen Ende 2003 veröffentlichten sie ein Album mit dem Titel Dezember. Die Songs enthielten Originale und vier Cover: John Lennons „Happy Xmas (War Is Over)“, Mike Batts „A Winter’s Tale“, „When A Child is Born“ und Irving Berlins „White Christmas“. Dezember war das erste Album der Gruppe, das seit ihrem Debütalbum The Magnificent Moodies von 1965 Cover enthielt.Im März 2006 wurden die ersten fünf der ‚Core Seven‘ -Alben der Band (die sieben Alben von Days of Future Passed bis Seventh Sojourn) im SACD-Format mit Deluxe-Editionen mit Bonussongs und einigen seltenen, bisher unveröffentlichten Tracks der Gruppe erneut veröffentlicht. Im April 2007 wurden die letzten beiden dieser klassischen Alben von Universal / Threshold erneut veröffentlicht. Diese Deluxe-Editionen waren für eine Art-Rock-Gruppe wie The Moodies insofern einzigartig, als eines ihrer Mitglieder, Justin Hayward, anstelle eines professionellen Meistertechnikers die Arbeit übernahm. Justin Hayward gab an, dass er sich Virgin-Vinylkopien dieser Alben angehört und sie als Referenzpunkte für die neuen CDs verwendet habe. Im September 2008 kündigte Justin Hayward die bevorstehende Veröffentlichung von remasterten Versionen von Octave, Long Distance Voyager und The Present an, die in den kommenden Monaten auf Universal Records veröffentlicht werden. Am 21. Mai 2007 veröffentlichten die Moodies eine einundvierzig Track, Zwei-Disc-Zusammenstellung von Sitzungen in den BBC Studios aufgenommen, verschiedene Fernsehauftritte und eine zuvor ‚verloren‘ Leistung auf der Tom Jones Show mit dem Titel Live at the BBC getan: 1967-1970.