Die Geschichte der Verwaltung von Karachi beginnt 1846, als eine Cholera-Epidemie die 9.000 Bürger der Stadt bedrohte. Die Bemühungen zur Bekämpfung dieser Infektionskrankheit wurden von einem Naturschutzausschuss koordiniert. 1852 wurde das Conservancy Board zu einer kommunalen Kommission und 1853 zum kommunalen Ausschuss aufgewertet. 1878 wurde die Stadt ermächtigt, Steuern auf lokaler Ebene zu erheben.Der City of Karachi Municipal Act wurde 1933 verkündet, und das Municipal Committee wurde zu einer multiethnischen 57-köpfigen Municipal Corporation mit einem Präsidenten und einem Vizepräsidenten anstelle des ehemaligen Bürgermeisters und stellvertretenden Bürgermeisters. Der erste Präsident war Jamshed Naserwanji, der zuvor zwanzig Jahre lang Bürgermeister war.

Nach der Unabhängigkeit im Jahr 1947 wurde Karachi die Hauptstadt des neu unabhängigen Staates Pakistan und Bürgermeister Hakim Ehsan empfing den Generalgouverneur Muhammad Ali Jinnah am Karachi International Airport. 1948 wurden die Stadtgrenzen innerhalb des neuen Bundeshauptstadtterritoriums festgelegt, das 2.103 km2 umfasste, aber auch mehrere kleine Städte und Dörfer umfasste, die von Karachi getrennt waren.In der Zeit von 1961 bis 1970 wurde das ehemalige Federal Capital Territory mit dem benachbarten Fürstenstaat Las Bela zur Karachi-Bela Division von Westpakistan zusammengelegt. In den 1970er Jahren wurde diese Fusion rückgängig gemacht und Karachi wurde zu einer eigenen Division mit einer Fläche von 3.528 km2.Die Karachi Municipal Corporation wurde 1976 zu einer Metropolitan Corporation aufgewertet, gefolgt von zonalen kommunalen Komitees, die von 1987 bis 1994 tätig waren. Das Regierungssystem änderte sich 1996 erneut, als die Teilung Karatschis in fünf Bezirke mit jeweils eigener kommunaler Körperschaft unterteilt wurde.

1999 verpflichtete sich Präsident Pervez Musharraf zu einer Überarbeitung der gesamten Verwaltungsstruktur des Landes. Im Jahr 2000 wurde die gesamte dritte Regierungsebene (Verwaltungseinheiten) zugunsten der vierten Regierungsebene (Bezirke) abgeschafft. In Karachi wurden die Abteilung von Karachi und die fünf Bezirke verschmolzen, um einen neuen Stadtbezirk zu bilden, der im August 2001 in achtzehn autonome Städte mit 178 lokalen Gewerkschaftsräten unterteilt wurde.Das Stadtsystem wurde 2011 abgeschafft, und die Karachi Development Authority wird auf provinzieller und nicht auf lokaler Ebene geführt.