Sowohl Wachstum als auch Immunkapazität sind wichtige Merkmale in der Tierzucht. Die QTL-Datenbank (Animal Quantitative Trait Loci) ist eine wertvolle Ressource und kann zur Interpretation der genetischen Mechanismen verwendet werden, die Wachstums- und Immunmerkmalen zugrunde liegen. QTL-Intervalle beinhalten jedoch oft zu viele Kandidatengene, um die wahren ursächlichen Gene zu finden. Ziel dieser Studie war es daher, eine effektive Annotationspipeline bereitzustellen, die die Informationen der Genontologie, Annotation, Verknüpfungsgenblöcke und -pfade zur weiteren Identifizierung pleiotroper Gene und Gensätze in den überlappenden Intervallen von wachstumsbezogenen und immunitätsbezogenen QTLs vollständig nutzen kann. Insgesamt wurden 55 nicht redundante QTL-Überlappungsintervalle identifiziert, 1893 wachstumsbezogene Gene und 713 immunitätsbezogene Gene wurden weiter in überlappende Intervalle klassifiziert und 405 pleiotrope Gene, die von den beiden Gensätzen gemeinsam genutzt wurden, wurden bestimmt. Darüber hinaus wurden 19 pleiotrope Genverknüpfungsblöcke und 67 Wege im Zusammenhang mit Immunität und Wachstumsmerkmalen entdeckt. Insgesamt wurden 343 wachstumsbezogene Gene und 144 immunitätsbezogene Gene identifiziert, die an pleiotropen Signalwegen beteiligt sind. Wir sequenzierten und genotypisierten auch 284 Individuen von chinesischen Meishan-Schweinen und europäischen Schweinen und kartierten die Einzelnukleotidpolymorphismen (SNPs) auf die pleiotropen Gene und Gensätze, die wir identifizierten. Insgesamt wurden 971 SNPs mit hoher Konfidenz auf die von uns identifizierten pleiotropen Gene und Gensätze abgebildet, und unter ihnen waren 743 SNPs statistisch signifikant in der Allelhäufigkeit zwischen Meishan und europäischen Schweinen. Diese Studie untersucht die Beziehung zwischen Wachstums- und Immunitätsmerkmalen aus der Sicht von QTL-Überlappungsintervallen und kann verallgemeinert werden, um die Beziehungen zwischen anderen Merkmalen zu untersuchen.