Der Onin-Krieg (1467-1477), hervorgerufen durch einen Erbstreit innerhalb des Ashikaga-Shogunats, sah einen deutlichen Zusammenbruch des Zentralkommandos und einen Aufstand zwischen einer Reihe von Daimyo-Clans, die um die Vorherrschaft kämpften. Dies führte zur Sengoku oder Warring States Periode.

Viele Sengoku-Daimyo waren ehemalige Shugo-Daimyo, die aus den Reihen der Provinzbeamten, Abgeordneten oder aus dem örtlichen Landbesitz Samurai aufstiegen. Über 150 Jahre dauerten die Kriege zwischen den Daimyo-Kriegsherren bis zum Aufstieg von Oda Nobunaga und seinen Plänen zur Vereinigung, die von seinem fähigen General Toyotomi Hideyoshi, der Oda nach Nobunagas Tod usurpierte, und schließlich von Tokugawa Ieyasu abgeschlossen wurden. Die Kriegsherren wurden nach dem Tod von Toyotomi Hideyoshi im Jahr 1598 in zwei große Armeen aufgeteilt, mit denen, die den herrschenden Toyotomi-Clan in den westlichen Streitkräften unterstützten, und denen, die den mächtigen Daimyo Tokugawa Ieyasu in den östlichen Streitkräften unterstützten. Die entscheidende Schlacht wurde im Oktober 1600 in Sekigahara ausgetragen, und als Sieger übernahm Tokugawa Ieyasu die Rolle des Shoguns.

Während der Edo-Zeit gab es drei Arten von Daimyo, Tozama, Fudai und Shinpan Daimyo. Nach der Schlacht von Sekigahara im Jahr 1600 organisierte Ieyasu etwa 200 Daimyo und ihre Domänen neu, basierend auf ihrer Beziehung zum Tokugawa-Clan.Tozama oder „äußere“ Daimyo waren diejenigen, die keine ehemaligen Verbündeten waren oder Grund zur Besorgnis hatten. Ihnen wurden selten, wenn überhaupt, Regierungspositionen angeboten. Arrangierte Ehen zwischen den Familien des Tozama Daimyo und des Tokugawa-Clans und die Sankin Kotai-Politik (alternative Anwesenheit am Hof) hielten sie unter strenger Kontrolle.