Wie bei jeder Operation unter Narkose, gibt es Risiken im Zusammenhang mit der Vollnarkose selbst. Eine weitere mögliche Komplikation der Kokzygektomie ist eine Infektion an der Operationsstelle aufgrund der Nähe der Stelle zum Anus, die zu einer Kontamination durch Bakterien aus dem Kot des Patienten führt. Eine Analyse von 24 Studien zur Kokzygektomie (mit 702 Patienten) ergab, dass 19 Studien (mit 493 Patienten) die Infektionsrate nach der Operation berichteten, während die anderen fünf Studien unvollständige Informationen lieferten. Unter den Patienten in den 19 Studien mit vollständigen Informationen betrug die Infektionsrate 12%. In den meisten Fällen war die Infektion oberflächlich, aber 4% der Operationen verursachten eine Infektion, die eine wiederholte Operation zur Behandlung der Infektion erforderte. Es wurde jedoch gezeigt, dass die Verwendung prophylaktischer Antibiotika, präoperativer rektaler Einläufe, der Verschluss der Wunde in zwei Schichten und die Verwendung eines topischen Hautklebers die Infektionsrate auf 0% reduzieren.

Bei Erwachsenen, die sich einer Steißbeinektomie unterziehen, ist eine seltene Komplikation eine nachfolgende Perinealhernie oder Steißbeinhernie. Bei diesen Hernien wölben sich Darm- oder andere Beckeninhalte durch einen geschwächten Beckenboden nach unten und aus dem Becken heraus. Diese Komplikation wurde nicht bei Personen berichtet, die sich während eines Babys oder Kindes einer Kokzygektomie unterzogen haben. Eine mildere Version der Hernie ist, wenn jemand nur einen Prolaps (Absacken) des Beckenbodens hat. Um diese Hernien zu reparieren, wurden verschiedene Operationstechniken beschrieben.