La Guerra Onin (1467-1477), provocada por una disputa de sucesión dentro del Shogunato Ashikaga, vio una clara ruptura del mando central y un levantamiento entre varios clanes daimyo que luchaban por la dominación. Esto llevó al período Sengoku, o estados en guerra.

Muchos Sengoku-daimyo eran antiguos Shugo-daimyo, que surgieron de las filas de funcionarios provinciales, diputados o de los samuráis locales que poseían tierras. Más de 150 años de guerra continuaron entre los señores de la guerra daimyo hasta el ascenso de Oda Nobunaga y sus planes de unificación, completados por su capaz general Toyotomi Hideyoshi, quien usurpó el poder de Oda tras la muerte de Nobunaga, y finalmente por Tokugawa Ieyasu. Los señores de la guerra se dividieron en dos grandes ejércitos tras la muerte de Toyotomi Hideyoshi en 1598, con los que apoyaban al clan gobernante Toyotomi en las fuerzas occidentales, y los que apoyaban al poderoso Daimyo Tokugawa Ieyasu en las fuerzas orientales. La batalla más decisiva se libró en octubre de 1600 en Sekigahara, y como vencedor, Tokugawa Ieyasu asumió el papel de Shogun.

Hubo tres tipos de daimyo durante el período Edo, Tozama, Fudai y daimyo Shinpan. Tras la Batalla de Sekigahara en 1600, Ieyasu reorganizó unos 200 daimyo y sus dominios, basándose en su relación con el clan Tokugawa.

Tozama, o daimyo «externo», eran aquellos que no eran antiguos aliados, o tenían motivos de preocupación. Rara vez, si es que alguna vez, se les ofrecieron cargos gubernamentales. Los matrimonios arreglados entre las familias del daimyo Tozama y el clan Tokugawa, y las políticas de Sankin Kotai (asistencia alternativa a la corte) los mantuvieron bajo estricto control.