identifikation af pleiotropiske gener og gen sætter underliggende vækst-og immunitetsegenskaber: en casestudie om Meishan-grise
både vækst og immunkapacitet er vigtige træk i dyreavl. Databasen animal kvantitativ trait loci er en værdifuld ressource og kan bruges til at fortolke de genetiske mekanismer, der ligger til grund for vækst og immunegenskaber. Imidlertid involverer intervaller ofte for mange kandidatgener til at finde de sande årsagsgener. Derfor, formålet med denne undersøgelse var at tilvejebringe en effektiv annotationsrørledning, der kan gøre fuld brug af informationen om Gen ontologi vilkår annotation, bindingsgenblokke og veje til yderligere at identificere pleiotropiske gener og gensæt i de overlappende intervaller af vækstrelaterede og immunitetsrelaterede Kvtl ‘ er. I alt blev 55 ikke-redundante overlappende intervaller identificeret, 1893 vækstrelaterede gener og 713 immunitetsrelaterede gener blev yderligere klassificeret i overlappende intervaller, og 405 pleiotropiske gener delt af de to gensæt blev bestemt. Derudover blev 19 pleiotropiske genbindingsblokke og 67 veje relateret til immunitet og vækstegenskaber opdaget. I alt 343 vækstrelaterede gener og 144 immunitetsrelaterede gener involveret i pleiotropiske veje blev også identificeret henholdsvis. Vi sekventerede og genotypede også 284 individer fra kinesiske Meishan-grise og europæiske grise og kortlagde de enkelte nukleotidpolymorfier (SNP ‘ er) til de pleiotropiske gener og gensæt, som vi identificerede. I alt 971 SNP ‘er med høj tillid blev kortlagt til de pleiotropiske gener og gensæt, som vi identificerede, og blandt dem var 743 SNP’ er statistisk signifikante i allelfrekvens mellem Meishan og europæiske grise. Denne undersøgelse undersøger forholdet mellem vækst og immunitetsegenskaber ud fra udsigten til overlappende intervaller og kan generaliseres for at udforske forholdet mellem andre træk.