som ved enhver operation under bedøvelse er der risici forbundet med selve generel anæstesi. En yderligere mulig komplikation af coccygektomi er infektion på det kirurgiske sted på grund af stedets nærhed til anus, hvilket fører til forurening af bakterier fra patientens afføring. En analyse af 24 undersøgelser af coccygectomy (dækker 702 patienter) rapporterede, at 19 undersøgelser (dækker 493 patienter) rapporterede infektionsraten efter operationen, mens de andre fem undersøgelser gav ufuldstændige oplysninger. Blandt patienterne i de 19 undersøgelser med fuld information var infektionsraten 12%. I de fleste tilfælde var infektionen overfladisk, men 4% af operationerne forårsagede en infektion, der krævede gentagen operation for at behandle infektionen. Anvendelsen af profylaktiske antibiotika, præoperativ rektal enema, lukning af såret i to lag og anvendelse af et topisk hudklæbemiddel har imidlertid vist sig at reducere infektionshastigheden til 0%.

hos voksne, der gennemgår coccygektomi, er en sjælden komplikation en efterfølgende perineal brok eller coccygeal brok. I disse brok bule tarm eller andet bækkenindhold nedad og ud af bækkenet gennem et svækket bækkenbund. Denne komplikation er ikke rapporteret hos personer, der gennemgik coccygektomi, mens de var en baby eller et barn. En mildere version af brok er, når nogen bare har prolaps (sagging) af bækkenbunden. For at reparere disse brok er en række kirurgiske teknikker blevet beskrevet.