historien om administrationen af Karachi begynder i 1846, da en koleraepidemi truede byens 9.000 borgere. Bestræbelserne på at bekæmpe denne smitsomme sygdom blev koordineret af en Conservancy Board. I 1852 blev Conservancy Board en kommunal kommission, og i 1853 blev den opgraderet til Kommunaludvalg. I 1878 fik byen beføjelse til at opkræve skatter på lokalt niveau.City of Karachi Municipal Act blev offentliggjort i 1933, og Kommunaludvalget blev et multietnisk 57-medlem kommunalt selskab med en Præsident og en vicepræsident i stedet for den tidligere borgmester og viceborgmester. Den første præsident var Jamshed Naservanji, der tidligere havde tjent som borgmester i tyve år.

efter uafhængighed i 1947 blev Karachi hovedstad i den nyligt uafhængige stat Pakistan og borgmester Hakim Ehsan modtog generalguvernøren, Muhammad Ali Jinnah, i Karachi International Airport. I 1948 blev bygrænserne fastsat inden for det nye Federal Capital Territory, som dækkede 2.103 km2, men også omfattede flere små byer og landsbyer adskilt fra Karachi.

i perioden 1961-1970 blev det tidligere Federal Capital Territory fusioneret med den nærliggende fyrstelige stat Las Bela for at danne Karachi-Bela Division af Vestpakistan. I løbet af 1970 ‘ erne blev denne fusion vendt, og Karachi blev en division i sig selv og dækkede 3.528 km2.Karachi Municipal Corporation blev opgraderet til et Metropolitan Corporation i 1976 efterfulgt af lokale kommunale udvalg, der opererer fra 1987-1994. Regeringssystemet ændrede sig igen i 1996, da opdelingen af Karachi blev opdelt i fem distrikter, hver med sit eget kommunale selskab.i 1999 forpligtede præsident Musharraf sig til en revision af hele landets administrative struktur. I år 2000 blev hele det tredje regeringsniveau (administrative divisioner) afskaffet til fordel for det fjerde niveau (distrikter). I Karachi blev opdelingen af Karachi og de fem distrikter fusioneret for at danne et nyt bydistrikt, der blev opdelt i August 2001 i atten autonome byer bestående af 178 lokale fagforeningsråd.

bysystemet blev afskaffet i 2011, og Karachi Development Authority drives på provinsniveau snarere end lokalt niveau.